中田さんコメントありがとうございます。
バージョンは1.42kですね、間違っていました。
コメントを元に設定をもう一度見直してみたところ、認証を掛けていたエイリアスの仮想パスが/sampleで認証情報で登録しているパスが/sample/だったところが問題だったようです。この違いが影響するとは思ってもいませんでした。現在は無事に認証付きパスのみインデックスが表示されるようになりました。
TARO. さん
（1）ユーザ認証の設定を削除
（2）「インデックスリストを表示」にチェックをいれる
（3）「認証付きディレクトリのみ」のチェックをはずす
とした時にインデックスリストが表示されますか？
判りやすく使いやすいソフトを公開して下さってありがとうございます。安定動作していて使わせて頂いてます。
質問のなのですが、1.45kにて以下の設定にチェックを入れて動作させようと思うのですが、いざアクセスすると404エラーが出てしまいインデックスリストが表示されません。
AN HTTPで設定するユーザ認証は設定しています。インデックスリストを表示するのチェックを外したり入れたりしても変化ありません。
なにか他にチェックする部分があるでしょうか？
>>［インデックス］:
>>認証付きディレクトリのみ: ユーザ認証が必要なディレクトリでだけリストを表示します。