isapiフォルダの中の count.pl は isapi の解説ページの中で動作するサンプルで、普通の人は使っていませんから削除しても関係ありません。
To 石濱さん
そりゃ削除した count.pl は動かなくなりますが、使っていなければ関係ないです。
.....というレベルの話です(^^;
お知らせ：バージョン 1.42h およびそれ以前のすべてのバージョンのサンプルスクリプトに 重大セキュリティホール があります。 isapi フォルダの count.pl を削除してください。(2003/4/22)
上記のお知らせですが、count.plを削除すると動作しなくなるのでは？