夕那さん、
「拡張子」のところが同じだとだめです。
いわゆる「重複登録」で、
http://homepage1.nifty.com/yito/namazu/gbook/20020901.0243.html
などにある通り、「.cgi,.pl」を2つ使うことはできないので、片方を「.pl,.cgi,.dummy」とか「.pl,.cgi」とかに変えてください。
そこの設定がちゃんとしていないと動作もおかしくなるのでしょうから、その他の話はそれからですね。
バグ？ 報告です。
Windows2000 Pro ＆ AnHTTPd 1.42h を使用しています。
Perl の実行に Perl.exe と PerlIs.dll とでどちらが
レスポンスがいいかというテストを複数回切り替えてテストしようと思い、
Perl.exe と PerlIs.dll の2つを CGI として登録したところ、CGI 実行後 AnHTTPd が
落ちてしまいます。
その後再起動し、設定を見てみると2つ設定したうちの1つが空欄になってしまっています。
あと、すでに PHP をアンインストール済みで再現不可能なのですが、
PHP 実行可能の状態で Perl を実行させると、PHP の環境変数？ らしき文字列が
混ざってしまいます。
そのため、数字であるカウンタに文字列が混ざってしまい、Perl スクリプトが
不具合を起こし、数字を正常にカウントアップできなくなる。
症状再現の CGI (Perl) は KENT-WEB さんの DAY COUNTER-EX です。
そのときの AnHTTPd のバージョンは 1.42d でした。
修正済みであればすみませんです。