##ヒロさんへ
もし、ホームスペースをお持ちでしたらそちらに置いてみては
どうでしょう？ 実際のコードを見ないことには何が原因か
特定するのは難しいと思います（せめてコア部分の引用だけでも
あればとっかかりもあるのですけど）
ヒロさん、
それは HTTPサーバの問題ではなくて、そのCGIスクリプトの問題ですね（？）。
スクリプトを改造する前のデータは、たぶん
データ（メッセージ）3
データ（メッセージ）2
データ（メッセージ）1
と並ぶのでしょうから、改造した部分がおかしいのではないでしょうか？
データ（メッセージ）の後には当然（改行）はあるのでしょうから、それにもかかわらず（改行）を追加してしまっているように思えますが、それだけではないようですね。
データの区切りを何で判断しているのか と 最初の「データ（メッセージ）1」の下にも余計な改行がないのかどうか 確認したいところです。
やはり少なくともデータの書込み部分のスクリプトを見ないとなんとも言えませんね。
Teraの本に書いてあったresbbs2を改造して、
データ収集を兼ねた掲示板のCGIを作成中です。
現在、AnHttpdのローカルサーバで実験中ですが、
掲示板に新しいデータ（メッセージ）が書き込まれると、
余計な改行を拾ってしまうようです。
もとのデータファイル（txt、もしくは、csvファイル）
データ（メッセージ）2
（改行）
データ（メッセージ）1
ここで、データ3を書き込むと、
データ（メッセージ）3
（改行）
データ（メッセージ）2
（改行）
（改行）
データ（メッセージ）1
と言うように、古いデータの後に、改行が、更に加わります。
以下、この連続なので、数十のデータが書き込まれただけで、
1000行以上のファイルが出来てしまい、
極度に、パフォーマンスが低下してしまいます。
これって、どうしたらいいのでしょうか？
何かヒントになるようなことでもお知らせ頂けるとありがたいです。