ぴゅあさん、
「.htmlがないときは.htmを探す」がオン（デフォルト）の時に index.shtml があって index.html がない場合、http://.../index.html で index.shtml が表示される、ということですよね（？）。
確かに気持ちが悪いので、次のバージョンで直します。
おかしいと思われる挙動を確認しました。
あるディレクトリには以前からindex.shtmlが存在しました。
index.shtmlをフレームに変更した際呼び出される1ページがindex.htmlであるのもなんなので他のファイル名としました。
http://.../でindex.shtmlが見られるのは確かなのですがhttp://.../index.htmlでもindex.shtmlが表示されます。
デフォルトインデックスはindex.htmlなので別にindex.htmlを作ってhttp://.../とするとindex.htmlの内容が見えます（これは当然のこと）。
実際にはindex.htmlは存在しないので（http://.../，http://.../index.html，http://.../index.shtmlのどれを指定されても）支障はでていませんが気分的に変かな？という気も。
「.htmlがないときは.htmを探す」というところから来ているのだとするとそれはそうなのかも知れませんが（この辺はとらえ方の違い？[*1]）。
[*1]
index.htm等直接ファイル名を指定されればなければないで良し。デフォルトインデックスでindex.htmlを設定しているときにhttp://.../と指定された時index.htmしかなければindex.htmlがないのでindex.htmを探すというので充分と考えていた。
URLを書く時http://.../index.htmlっていちいち書かなくても良いよ派？なのでそう思うところもあったりますが。
サイトを構成するときにファイル名の扱いに注意すれば良いだけのことなので重大な問題ではありませんが（逆にindex.htmlを書く癖のある人向けには良いのかも）。