ゆうさん、
私もスタートアップに入れて再現できました。
コンソール（DOS窓)を開いたもののそのハンドル取得に失敗しているようですので、次のバージョンで直します。
なお、CGI/SSIの出力を検査のチェックを外せばコンソール自体を開きません。
>（1）スタートアップで再現性100%の環境では、単独起動の場合も100%再現するのでしょうか？
100%ではありませんが、たまーーに再現します。たくさんアプリを起動しているときにhttpdを起動すると、再現しやすいです。
>（2）開いたDOS窓をアイコンにすることは可能でしょうか？
できます。
>（3）ファイル名を指定して実行で cmd と指定して DOS窓は開くでしょうか？
開きます。
>（4）環境変数 COMSPEC は system32ディレクトリの cmd.exe でしょうか？
そうです。
お役に立てたでしょうか？ 一日も早く原因がわかることを祈ってます。
これからも頑張ってください。
ゆうさん、
少し前に、ぴゅあさん、いとさんの同様の（だと思うのですが）話がありましたが、私のところでは再現できないのでちょっと困っています。
そこでいくつか質問を。
（1）スタートアップで再現性100%の環境では、単独起動の場合も100%再現するのでしょうか？
（2）開いたDOS窓をアイコンにすることは可能でしょうか？
（3）ファイル名を指定して実行で cmd と指定して DOS窓は開くでしょうか？
（4）環境変数 COMSPEC は system32ディレクトリの cmd.exe でしょうか？
はじめまして。非常に重宝させていただいております。
質問なのですが、Windows2000でスタートアップからhttpdを起動させる場合、
httpdの起動直後に真っ黒なDOS窓が開いて、カーソルがチカチカしてそのまま
閉じてくれません。httpdの動作そのものには支障ないのですが、DOS窓を閉じる
と当然httpdも死にます。私の家の環境での再現性は100%です。
スタートアップには他にカレンダーが一個入っているだけですが、インストール
時に勝手に常駐の設定をしてしまう系のソフトが結構入ってます（FAXやプリンタ監視など）。
よって、タスクバーは常時賑わってます。
レアケースなタイミングの問題かと思うのですが、ときたまスタートアップでなく
単独で起動した場合にも同じ現象が起こることがあります。
ちなみに、会社のNT4.0でもスタートアップにしていますが、再現しません。
単独起動の場合はやはりたまに同じ現象が起こります。
何か心当たりがあれば調べていただけないでしょうか。