a.y.a さん、
そんなはずは。。。と思ってやってみたらそうでした。64バイトの固定バッファを流用していたところで変になっていました。
52,3バイト目あたりの文字が最初の文字（ドライブ名）に入るという症状ですね。
早速直します。
大切なことを書き忘れました。
環境は
httpd 1.27b
Windows2000 Pro です
cgiのテストに使わせていただいております。
ところでドキュメントルートの設定ですが、
50文字前後を越えるとうまく設定できないようです。
症状としては "C:" ドライブがエイリアスで "B:"ドライブになる
ユーザズドキュメントルートで分割して
50文字を越えないようにすればうまくいくようです。