Yamamoto さん、
そうですね、それはバグです。レジストリの設定のところのミスでしたので、早急に直します。
とりあえずの対処としては、ゲートウェイのログのチェックをはずすと POP3 のチェックもはずれると思います。
その後手持ちのV1.27とV1.26bにて調べてみましたが、POP3ゲートウェイのチェック項目を
外しても、HKEY_LOCAL_MACHINE\SOFTWARE\AnHttpd\default\Proxy\PassPop3の
標準文字列が"On"から"Off"に更新されないようです。
なお、"Off"から"On"には更新されました。
家庭内LANのプロキシサーバとして、とても有用に使わせていただいております。
私は複数のプロバイダからメールを巡回受信するために、AN HTTPのPOP3ゲートウェイは
利用せず、その部分はWinproxyを利用しているのですが、V1.27になってからPOP3ゲートウェイの
チェック項目を外して設定しても、なぜかEXEを再起動するとその項目にチェックが入ってしまいます。
これはバグかと思ったのですが、いかがでしょうか？