浜田さん、
Apache 1.3.9 (for Win32) では SSI で一部問題があるようです。apache 1.3.9 for Win32 SSI設定について など。
ただ、浜田さんの話とはちょっと内容が違うようですけど。
だいすけさんはApacheを使用するようですね。
最近一寸Ver1.3.9で試しているのですが、
SSIを実行可にして、HTML本文中にコメントタグを使用した時に
SSIと勘違いする症状がでませんか？
(本文中にエラーメッセージがあちこち表示されてしまいます。）
コメントタグはHTMLで正式にはサポートされていないのでしたか？
Anhttpは大丈夫です。
でもApacheは変なスクリプトを実行してもダウンしにくい面はありますね。