えむけいさん、 Not Found でもディレクトリを作ってしまうのを避けるのは（ちょっと面倒ですが）そのようにします。
プロキシのキャッシュ機能を使っているとき、たとえNot FoundになってもCacheOnlyでもアクセスを試みるだけでディレクトリが作成されてしまうのですが、実際にファイルを作成する必要がない限りディレクトリを掘らないようにできないでしょうか?