去年は抽選用紙の同じ面に、当たり＝「選択確定」、はずれ＝「NPB印鑑」が押してあったため、中村GMと王監督が勘違いをして指名選手に迷惑をかけた。
今年は、はずれの「NPB印鑑」が裏面に押される。
■注目される選手
駒大苫小牧高 田中将大 投手
愛工大名電高 堂上直倫 内野手
PL学園 前田健太 投手
鷲宮（埼玉） 増渕竜義 投手
八重山商工（沖縄） 大嶺祐太 投手
早稲田実業 斎藤佑樹はプロ野球志望届けを出していないので指名されない。
(ここまで 2006年9月10日記）
【 結果 】
田中将大投手（北海道・駒大苫小牧）
指名：日本ハム、楽天、オリックス、横浜
交渉権獲得：楽天
堂上直倫遊撃手（愛知・愛工大名電）
指名：中日、阪神、巨人
交渉権獲得：中日
大嶺祐太（八重山商工）
指名：ロッテ、ソフトバンク
交渉権獲得：ロッテ
増渕竜義（埼玉・鷲宮）
指名：ヤクルト、西武
交渉権獲得：ヤクルト
前田健太（大阪・PL学園）
交渉権獲得：広島
1巡目で抽選に外れた球団はウエーバー順の下位から指名する。
ウェーバー順は1週間前の暫定順位などを基準とする。
2巡目は希望入団枠使用を申請しなかったロッテだけが指名する。楽天は希望枠を使用しなかったが、この時点では申請していたため、2巡目指名権なし。
