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二つの原子の結合面の直径を算出する
結合面の直径を算出する
 a:A原子の半径
b:B原子の半径
c:A原子とB原子の距離（化学便覧 基礎編 IIから）
d:結合面からA原子の中心への垂線の長さ
R:結合面の直径（求める数値）
左の図は、van der Waals力で原子の大きさを考えた場合に、二つの原子の結合面の大きさを推定しようというものです。＜もしも原子が見えたなら＞に出てくる分子模型の作り方を引用した式です。
私は、図の下の式をExcelに入れて結合面の大きさを計算しています。
上記の式を利用して２つの原子の結合面の直径を計算したのが下の表です。
１億倍の模型を作成しているのですから、「切断する大きさ」は「結合面の直径」を１億倍しています。
| A-B |
A原子の半径 |
B原子の半径 |
c:AとBの距離 |
R:結合面の直径(Å) |
切断する
大きさ(cm) |
結合の例 |
| C-H |
1.7 |
1.2 |
1.09 |
2.387942171 |
2.4 |
メタン |
| O=O |
1.52 |
1.52 |
1.207 |
2.790116664 |
2.8 |
酸素 |
| N≡N |
1.5 |
1.5 |
1.0977 |
2.791962519 |
2.8 |
窒素 |
| N-H |
1.5 |
1.2 |
1.012 |
2.390653349 |
2.4 |
アンモニア |
| N-O |
1.5 |
1.52 |
1.151 |
2.791638454 |
2.8 |
一酸化窒素 |
| O-H |
1.52 |
1.2 |
0.9572 |
2.399522326 |
2.4 |
水 |
| C-N |
1.7 |
1.5 |
1.48 |
2.811156735 |
2.8 |
アミノ酸 |
| C=O |
1.7 |
1.52 |
1.16 |
2.967413808 |
3.0 |
二酸化炭素 |
| C-O |
1.7 |
1.52 |
1.43 |
2.862100628 |
2.9 |
|
| C-C |
1.7 |
1.7 |
1.399 |
3.098838331 |
3.1 |
ベンゼン |
| C-C |
1.7 |
1.7 |
1.541 |
3.03072912 |
3.0 |
アルカン類 |
| C=C |
1.7 |
1.7 |
1.337 |
3.12608877 |
3.1 |
エチレン |
| C≡C |
1.7 |
1.7 |
1.205 |
3.179304169 |
3.2 |
アセチレン |
| S-H |
1.8 |
1.2 |
1.336 |
2.399973372 |
2.4 |
システイン |
| S=O |
1.8 |
1.52 |
1.431 |
2.937862914 |
2.9 |
二酸化硫黄 |
| N=N |
1.5 |
1.5 |
1.252 |
2.726260442 |
2.7 |
アゾ基 |
| C-Cl |
1.7 |
1.75 |
1.7 |
3.000783851 |
3.0 |
|
| C-I |
1.7 |
1.98 |
2.05 |
3.027483925 |
3.0 |
芳香族へ |
| P-O |
1.8 |
1.52 |
1.467 |
2.923554011 |
2.9 |
リン酸 |
2000.12.21初出
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