９月３０日（木） 米航空宇宙局（ＮＡＳＡ）は火星探査機「マーズ・クライメート・オービター」が火星周回軌道に乗るのに失敗して火星大気に突入したのは、探査機を制御する二つのチームが「キロメートル」と「マイル」の２種類の単位を混在して使用していたためだとする調査結果を発表。単純なミスを発見できず衝撃を受けている。
９月３０日（木） 世界のエイズウイルス（ＨＩＶ）感染者は来年には４０００万人を超すという見通しを、エイズ研究の権威である米国立アレルギー感染症研究所所長が３０日発売の米医学誌に発表。アフリカに限らず、インド、東南アジアなどでの流行が拡大しており、「予防法が確立しなければ、２１世紀には最悪の流行」と警告した。
９月２８日（火） 今年６月下旬から８月下旬までに国内で報告されたＨＩＶ感染者は８６人、エイズ患者は４９人に上ることが厚生省エイズ動向委員会のまとめで分かった。感染者の累計は４６７１人、患者は２１１４人となった。感染原因別にみると「異性間の性的接触」での感染者が３９人、「同性間の性的接触」での感染者が２８人たった。
９月２６日（日） 午後８時２０分ごろ、神戸市北区の平田良一さん宅で「ドーン」という音がした。平田さんが調べたところ、自宅の屋根に直径約１０センチの穴が開いて２階の長女の部屋に石の破片が散らばっており、兵庫県警神戸北署に通報した。同署はいん石とみている。４人はたまたま１階居間にいて、けがはなかった。
９月２１日（火） 政府は午前の給与関係閣僚会議と閣議で、１９９９年度の国家公務員一般職の給与改定について、４月１日にさかのぼり平均０・２８％（定期昇給分は除く）引き上げるよう求めた人事院勧告を完全実施することを決めた。実施が見送られた８２年度を除けば、６０年度以降では最低の引き上げ率となった。また特別給（ボーナス）は前年度から０・３か月引き下げられ、職員の平均年間給与は人勧制度が始まった４８年度以降で初めて前年度比マイナスとなる。
９月２１日（火）
台湾中部で午前１時４５分（日本時間同２時４５分）ごろ、マグニチュード（Ｍ）７・６の強い地震が起きた。内政部救急センターなどによると、６５７人が死亡し、２６１４人が負傷。１２４６人が倒れた建物の下敷きになっているという。
消防隊や救助隊が救助活動を行っているが、死傷者はさらに増える見込み。
９月３日（金）
プリンストン大学の神経生物学者、ジョー・チェン氏らアメリカの研究者たちが、『NR2B』と呼ばれる遺伝子を導入することによって賢いマウスを作り出すことに成功し、ヒトを含む哺乳類の知能向上が可能であることを証明したと述べた。
プリンストン大学ではチェン氏のチームが学習能力の向上を確認するため、ドギー・マウスに一連のテストを施した。(ドギーの名は、テレビドラマの主人公、ドギー・ハウザー医学博士にちなんで名付けられた。)
テストの結果、ドギー・マウスは普通のマウスに比べて4〜5倍長い時間ものを覚えており、電気ショックを与えられた場合の学習速度もはやかった。
９月２日（木） 午後８時４５分ごろ、八王子市諏訪町のアパート前で、ピザ配達に来た宅配ピザのアルバイト店員（２１）が２人組の若い男に顔面などを殴られ、現金約３万円と４０００円分の地域振興券を奪われた。警視庁高尾署は、最近都内で多発している「ピザ強盗」と同様の事件と見て逃げた２人組を探している。
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