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| # | 選手名 | ||
| 1 | 小山健二 | GK | 12/17、チームが契約更新を発表。 1/18、新体制発表会で選手リストに。背番号１ |
| 2 | 早川知伸 | DF | 1/7、神奈川新聞が「同１部（Ｊ１）千葉に期限付き移籍していたＤＦ早川知伸（31）のチーム復帰が決定的」と報道。 1/9、チームがチームへの復帰を発表。 1/18、新体制発表会で選手リストに。背番号２ |
| 3 | 八田康介 | DF | 12/23、チームが契約更新を発表。 1/18、新体制発表会で選手リストに。背番号３ |
| 4 | 戸川健太 | DF | 12/27、スポニチが「横浜ＦＣのＤＦ戸川は期間を延長する見込み」と報道。 1/13、チームがヴェルディからの完全移籍加入を発表。 1/18、新体制発表会で選手リストに。背番号４ |
| 5 |  エルゼウELIZEU Ferreira Marciano |
DF | 11/26、日刊スポーツが「来季は２人のブラジル人選手と契約せず」と報道。 12/1、チームが契約非継続を発表。 12/19、チームがJ2仙台への移籍を発表 |
| 6 | 太田宏介 | DF | 12/17、スポニチが、J1清水が「獲得に乗り出している」、「広島も獲得に興味」と報道。 12/28、スポニチが「清水が、Ｊ２横浜ＦＣのＤＦ太田宏介（２１）を完全移籍で獲得することが決まった。昨年のＵ―２０Ｗ杯に出場し、将来性が期待されるレフティーには広島と大宮からもオファーが届いたが、今年のＪリーグベストピッチ賞にも選ばれた日本平でプレーしたいという本人の思いもあり、３クラブでの争奪戦を制した。３年契約で年俸は１５００万円（推定）。週明けにも正式発表される。」と報道。 12/29、チームがJ1清水への完全移籍を発表。 |
| 7 | 吉本岳史 | DF | 12/23、チームが契約更新を発表。 1/18、新体制発表会で選手リストに。背番号７ |
| 8 | 中田洋介 | DF | 12/1、チームが契約非継続を発表。 |
| 9 | アンデルソン ANDERSON Andrade Antunes |
FW | 11/26、日刊スポーツが「来季は２人のブラジル人選手と契約せず」と報道。 12/1、チームが契約非継続を発表。 |
| 11 |  三浦知良 |
FW | 10/3、日刊スポーツが「清原氏引退してもカズは辞めない」と題し、チームの契約延長の方針と、三浦知#11の「もう来季に向けての戦いは始まっている。１試合も無駄にはできない。昇格に向けて、来年もう１度やりなおしだよ」とのコメントで残留を示唆。 1/7、神奈川新聞が「Ｊリーグ２部（Ｊ２）横浜ＦＣの現役最年長プレーヤー、三浦知良（41）が６日までに、新シーズンの契約延長でクラブ側と合意し、リーグの最年長出場記録を更新することが確実になった。」と報道。 1/17、チームが契約更新を発表。 1/18、新体制発表会で選手リストに。背番号１１ |
| 13 | 滝澤邦彦 | MF | 12/1、チームが契約非継続を発表。 12/16、日刊スポーツが高木ヴェルディの「Ｊ２横浜ＦＣのＭＦ滝沢邦彦（３０）獲得も決定的となった」と報道。 1/16、チームがJ2ヴェルディへの完全移籍を発表。 |
| 14 |  チョ・ヨンチョル曺永哲 Cho Young Cheol |
FW | 1/18、J1新潟が加入内定を発表。 |
| 15 | 長谷川太郎 | FW | 12/1、チームが契約非継続を発表。 |
| 16 | 御給匠 | FW | 12/23、チームが契約更新を発表。 1/18、新体制発表会で選手リストに。背番号２０へ変更。 |
| 17 | 三浦淳宏 |
MF | 1/13、チームが契約更新を発表。 1/18、新体制発表会で選手リストに。背番号１７ |
| 18 | 小野智吉 | DF | 1/13、チームが契約更新を発表。 1/18、新体制発表会で選手リストに。背番号８へ変更。 |
| 19 | 難波宏明 | FW | 12/17、チームが契約更新を発表。 1/18、新体制発表会で選手リストに。背番号１９。 |
| 20 | 池元友樹 | FW | 1/17、チームが期限付き移籍の期限延長を発表。 1/18、新体制発表会で選手リストに。背番号９に変更。 |
| 21 | 岩丸史也 | GK | 12/23、チームが契約更新を発表。 1/18、新体制発表会で選手リストに。背番号１６に変更。 |
| 22 | 吉田正樹 | DF | 12/17、チームが契約更新を発表。 1/18、新体制発表会で選手リストに。背番号６に変更。 |
| 23 | 八角剛志 | MF | 1/13、チームが契約更新を発表。 1/18、新体制発表会で選手リストに。背番号５に変更。 |
| 24 | 根占真伍 | MF | 12/17、チームが契約更新を発表。 1/18、新体制発表会で選手リストに。背番号２４。 |
| 25 | 須藤右介 | MF | 12/19、チームが完全移籍加入を発表。 1/18、新体制発表会で選手リストに。背番号２５。 |
| 26 | 中田健太郎 | DF | 12/17、チームが契約更新を発表。 1/18、新体制発表会で選手リストに。背番号２２に変更。 |
| 27 | 中野裕太 | FW | 12/17、チームが契約更新を発表。 1/18、新体制発表会で選手リストに。背番号２３に変更。 |
| 28 | 近藤慎吾 | DF | 10/11、チームが特別指定選手登録の抹消を発表。 |
| 31 | 大久保拓生 | GK | 12/17、チームが契約更新を発表。 1/18、新体制発表会で選手リストに。背番号２１に変更。 |
| 32 | 山田卓也 |
DF | 12/1、チームが契約非継続を発表。 |
| 内田智也 | MF | 1/9、チームがJ1大宮への完全移籍を発表。 | |
| ペ･スンジン | DF | 12/19、チームが契約非継続を発表。 1/9、チームがJ2徳島への完全移籍を発表。 |
| 坂本寿夫 | 社長 | 12/16、スポニチが「退任が決定的となった」と報道。 1/6、チームが取締副会長就任を発表。 |
| 関口潔 | 強化部長 | 12/16、スポニチが、社長昇格が「決定的となった」と報道。 1/6、チームが常務取締役留任を発表。 |
| 都並敏史 | 監督 | 11/23、スポニチが「解任する方針を固め」たと報道。 11/24、日刊が「今季限りで解任」と報道。 11/25、チームが解任を発表。 |
| 斎藤芳行 | コーチ | 11/25、チームが解任を発表。 |
| 反町康治 | 11/23、スポニチが次期監督候補に「リストアップしている」と報道。 12/12、J2湘南が監督就任を発表 |
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| イビチャ・オシム | 11/23、スポニチが次期監督就任を「健康上の理由で断られた」と報道。 | |
| 信藤健仁 | 12/16、スポニチが監督就任の「正式オファーしたが、実らなかった」と報道。 | |
| 関塚隆 | 12/16、スポニチが監督就任の「正式オファーしたが、実らなかった」と報道。 | |
| 樋口靖洋 | 12/10、日刊スポーツが、「新監督就任のオファー」を出していると報道。 12/14、チームが監督就任を発表。 |
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| 西田剛 | FW | 9/8、おおさか報知が「阪南大のＦＷ西田剛（４年・鹿児島城西）が、Ｊ２の横浜Ｃへの入団が内定」と報道。 10/3、チームが加入内定を発表。 1/18、新体制発表会で選手リストに。背番号１８。 |
| 伊藤竜司 | DF | 10/31、チームが帝京高校からの新加入内定を発表。 1/18、新体制発表会で選手リストに。背番号２６。 |
| 久富賢 | MF | 11/28、チームが東海大学付属第五高校からの新加入内定を発表。 1/18、新体制発表会で選手リストに。背番号２７。 |
| 中山雅史 | FW | 12/19、「横浜ＦＣの関係者はカズ＆ゴンの２トップが実現できればと話しており、中山が磐田退団となった場合には獲得に乗り出すのは確実、と報道。 |
| 片山奨典 | DF | 12/19、チームがJ1名古屋からの完全移籍加入を発表。 1/18、新体制発表会で選手リストに。背番号１３。 |
| 加藤大志 | MF | 12/21、チームがJ1京都からの完全移籍加入を発表。 1/18、新体制発表会で選手リストに。背番号１５。 |
| ユヒョジン 劉孝眞 (Yu Hyo Jin) |
FW | 12/18、韓国ナショナルリーグの公式サイトが、釜山交通公社から横浜FCへの移籍を伝えた。 1/6、チームが完全移籍加入を発表。 1/18、新体制発表会で選手リストに。背番号１０。 |
| 田中輝和 | DF | 1/10、チームがJ1大宮からの期限付き移籍加入を発表。 1/18、新体制発表会で選手リストに。背番号１４。 |
| 2009年度契約 | |
| 引退 | |
| 移籍 | |
| 退団 | |
| 未定 |
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