一日に何回もファイルを変更すると、初回しか正常に転送しない

BEKKOAMEの場合は素直な−９時間差のサーバなので、FTPサイトの目的をメインにすればOKなのですが、頻繁に変更して転送するとなると、すこし設定をチューニングする必要があります。
(BEKKOAME　iドメインのFTPサーバは-16時間ぐらい差があるようです)

1つ目の方法は、登録FTOサイトの内容編集画面で、[超！高度な設定]タブを開いてファイルの新旧を比較するときに[3]分未満の誤さは同じとみなすという項目の3分を1分など小さい値にすることです。
この3分という値は、前回転送してから3分以内にファイルを編集して、また転送しても時間差は3分未満になるため転送されないことを意味します。
通常はこれほど頻繁に変更しないく、また、時間差の測定が1分ほど前後することがあるので、多めに3分をデフォルトとしてあります。また、1分や0分にした場合、想像以上に時間差の計測が狂うと、昔に転送して変更していないファイルも誤差とみなされず転送される場合があるので注意が必要です。

2つ目の方法は、いつも同じローカルPC上でファイルを編集したものを、FTPサーバに転送するだけなのだら、時間によるファイル新旧判定をやめて、アーカイブビットを使う方法に切りかえることです。
これは、内容編集画面で、[FTPサイトの目的]タブの目的をメインにした後に、[ファイルの更新判定]だけを[ローカルPC側のアーカイブビット]をクリックして変更します。
サイトを構成するディレクトリをブリーフケースにいれて持ち歩くようなモバイルな編集形態を取らず、1台のPCで編集するのであれば、この方法がもっとも確実です。ただ、アーカイブビットはテープバックアップなどを行うとクリアされるので、バックアップ中の転送は気をつけなければなりません。