２ 地方公共団体は、その区域内の自然的社会的諸条件に応じて、絶滅のおそれのある野生動植物の種の保存のための施策を策定し、及び実施するよう努めるものとする。
３ 国民は、前２項の国及び地方公共団体が行う施策に協力する等絶滅のおそれのある野生動植物の種の保存に寄与するように努めなければならない。
２ この法律において「希少野生動植物種」とは、次項の国内希少野生動植物種、第４項の国際希少野生動植物種及び次条第１項の緊急指定種をいう。
３ この法律において「国内希少野生動植物種」とは、その個体が本邦に生息し又は生育する絶滅のおそれのある野生動植物の種であって、政令で定めるものをいう。
４ この法律において「国際希少野生動植物種」とは、国際的に協力して種の保存を図ることとされている絶滅のおそれのある野生動植物の種（国内希少野生動植物種を除く。）であって、政令で定めるものをいう。
５ この法律において「特定国内希少野生動植物種」とは、次に掲げる要件のいずれにも該当する国内希少野生動植物種であって、政令で定めるものをいう。
６ 環境大臣は、前３項の政令の制定又は改廃に当たってその立案をするときは、中央環境審議会の意見を聴かなければならない。
２ 環境大臣は、前項の規定による指定（以下この条において「指定」という。）をしようとするときは、あらかじめ関係行政機関の長に協議しなければならない。
４ 環境大臣は、指定をするときは、その旨及び指定に係る野生動植物の種を官報で公示しなければならない。
５ 指定は、前項の規定による公示の日の翌々日からその効力を生ずる。
６ 環境大臣は、指定の必要がなくなったと認めるときは、指定を解除しなければならない。
７ 第２項、第４項及び第５項の規定は、前項の規定による指定の解除について準用する。
この場合において、第５項中「前項の規定による公示の日の翌々日から」とあるのは、「第７項において準用する前項の規定による公示によって」と読み替えるものとする。
２ 前項の基本方針（以下この条において「希少野生動植物種保存基本方針」という。）は、次に掲げる事項について定めるものとする。
３ 環境大臣は、希少野生動植物種保存基本方針について第１項の閣議の決定があったときは、遅滞なくこれを公表しなければならない。
４ 第１項及び前項の規定は、希少野生動植物種保存基本方針の変更について準用する。
５ この法律の規定に基づく処分その他絶滅のおそれのある野生動植物の種の保存のための施策及び事業の内容は、希少野生動植物種保存基本方針と調和するものでなければならない。
２ 前項の許可を受けようとする者は、環境省令で定めるところにより、環境大臣に許可の申請をしなければならない。
３ 環境大臣は、前項の申請に係る捕獲等について次の各号のいずれかに該当する事由があるときは、第１項の許可をしてはならない。
４ 環境大臣は、第１項の許可をする場合において、次の各号に掲げる当該許可の区分に応じ、当該各号に定めるときは、その必要の限度において、その許可に条件を付することができる。
５ 環境大臣は、第１項の許可をしたときは、環境省令で定めるところにより、許可証を交付しなければならない。
６ 第１項の許可を受けた者のうち法人であるものその他その許可に係る捕獲等に他人を従事させることについてやむを得ない事由があるものとして環境省令で定めるものは、環境省令で定めるところにより、環境大臣に申請をして、その者の監督の下にその許可に係る捕獲等に従事する者であることを証明する従事者証の交付を受けることができる。
７ 第１項の許可を受けた者は、その者若しくはその者の監督の下にその許可に係る捕獲等に従事する者が第５項の許可証若しくは前項の従事者証を亡失し、又はその許可証若しくは従事者証が滅失したときは、環境省令で定めるところにより、環境大臣に申請をして、その許可証又は従事者証の再交付を受けることができる。
８ 第１項の許可を受けた者又はその者の監督の下にその許可に係る捕獲等に従事する者は、捕獲等をするときは、第５項の許可証又は第６項の従事者証を携帯しなければならない。
９ 第１項の許可を受けて捕獲等をした者は、その捕獲等に係る個体を、適当な飼養栽培施設に収容することその他の環境省令で定める方法により適切に取り扱わなければならない。
１０ 環境大臣は、第３０条第１項の事業に係る譲渡し、又は引渡しのためにする繁殖の目的で行う特定国内希少野生動植物種の生きている個体の捕獲等についての第１項の許可をし、又は第４項の規定によりその許可に条件を付そうとするときは、あらかじめ農林水産大臣に協議しなければならない。
２ 環境大臣は、前条第１項の許可を受けた者がこの法律若しくはこの法律に基づく命令の規定又はこの法律に基づく処分に違反した場合において、次の各号に掲げる当該許可を受けた者の区分に応じ、当該各号に定めるときは、その許可を取り消すことができる。
３ 環境大臣は、第１項第２号に掲げる者に対し、同項の規定による命令をし、又は前項の規定により許可を取り消そうとするときは、あらかじめ農林水産大臣に協議しなければならない。
２ 環境大臣は、前項第６号又は第７号の環境省令を定めようとするときは、農林水産大臣及び経済産業大臣に協議しなければならない。
２ 前項の許可を受けようとする者は、環境省令で定めるところにより、環境大臣に許可の申請をしなければならない。
３ 環境大臣は、前項の申請に係る譲渡し等について次の各号のいずれかに該当する事由があるときは、第１項の許可をしてはならない。
４ 第１０条第４項の規定は第１項の許可について、同条第９項の規定は第１項の許可を受けて譲受け又は引取りをした者について、前条第２項の規定は第１項の環境省令の制定又は改廃について準用する。
この場合において、第１０条第９項中「その捕獲等に係る個体」とあるのは、「その譲受け又は引取りに係る個体等」と読み替えるものとする。
２ 特定国内希少野生動植物種以外の希少野生動植物種の個体等を輸出し、又は輸入しようとする者は、外国為替及び外国貿易法（昭和２４年法律第２２８号）第４８条第３項又は第５２条の規定により、輸出又は輸入の承認を受ける義務を課せられるものとする。
２ 環境大臣及び経済産業大臣は、外国為替及び外国貿易法第５２条の規定に基づく政令の規定による承認を受けないで特定国内希少野生動植物種以外の希少野生動植物種の個体等を輸入した者からその個体等がその承認を受けないで輸入されたものであることを知りながら第１２条第１項の規定に違反してその個体等の譲受けをした者がある場合において、必要があると認めるときは、その者に対し、輸出国内又は原産国内のその保護のために適当な施設その他の場所を指定してその個体等を返送することを命ずることができる。
３ 経済産業大臣が第１項の規定による命令をした場合又は環境大臣及び経済産業大臣が前項の規定による命令をした場合において、その命令をされた者がその命令に係る返送をしないときは、経済産業大臣又は環境大臣及び経済産業大臣（第５２条において「経済産業大臣等」という。）は、自らその個体等を前２項に規定する施設その他の場所に返送するとともに、その費用の全部又は一部をその者に負担させることができる。
２ 前項の規定による立入検査をする職員は、その身分を示す証明書を携帯し、関係者に提示しなければならない。
３ 第１項の規定による権限は、犯罪捜査のために認められたものと解釈してはならない。
２ 前項の登録（次条第１項及び第２項を除き、以下この節及び第５９条第３号において「登録」という。）を受けようとする者は、環境省令で定めるところにより、環境大臣に登録の申請をしなければならない。
３ 環境大臣は、登録をしたときは、その申請をした者に対し、環境省令で定めるところにより、登録票を交付しなければならない。
４ 登録を受けた国際希少野生動植物種の個体等の正当な権原に基づく占有者は、前項の登録票（以下この節において「登録票」という。）でその個体等に係るものを亡失し、又は登録票が滅失したときは、環境省令で定めるところにより、環境大臣に申請をして、登録票の再交付を受けることができる。
５ 第１２条第２項の規定は、第２項の環境省令の制定又は改廃について準用する。
２ 前項の登録（以下この節並びに第５９条第３号及び第４号において「事前登録」という。）を受けようとする者は、環境省令で定めるところにより、環境大臣に事前登録の申請をしなければならない。
３ 環境大臣は、事前登録をしたときは、その申請をした者に対し、環境省令で定めるところにより、事前登録に係る原材料器官等の数に応じた枚数の事前登録済証を交付しなければならない。
４ 前条第５項の規定は、第２項の環境省令の制定又は改廃について準用する。
２ 事前登録を受けた者は、環境省令で定めるところにより、３月を経過するごとに、その間に譲渡し又は引渡しをした事前登録に係る原材料器官等に関し環境大臣に必要な事項を報告しなければならない。
３ 事前登録を受けた者は、事前登録を受けた日から起算して１年を経過したときは、環境省令で定めるところにより、その間に第１項本文の規定により記載をしなかった事前登録済証を環境大臣に返納しなければならない。
４ 環境大臣は、事前登録を受けた者が、事前登録済証に、事前登録をした事項に適合する原材料器官等以外の原材料器官等について第１項本文に規定する記載をし、若しくは虚偽の事項を含む同項本文に規定する記載をし、又は事前登録に係る原材料器官等若しくは事前登録済証に関し次条第１項から第３項まで若しくは第２２条第１項の規定に違反した場合において、必要があると認めるときは、その者に対し、３月を超えない範囲内で期間を定めて、第１項本文の規定により記載をすることを禁止することができる。
５ 環境大臣は、事前登録を受けた者が前条第１項第１号に該当するに至ったときは、その者に対し、その事前登録に係る事前登録済証の返納を命じなければならない。
６ 環境大臣は、事前登録を受けた者が第４項の規定による命令に違反した場合において必要があると認めるときは、その者に対し、その命令に係る事前登録に係る事前登録済証の返納を命ずることができる。
７ 環境大臣は、この条の規定の施行に必要な限度において、事前登録を受けた者に対し、必要な報告を求めることができる。
２ 登録等に係る国際希少野生動植物種の個体等の譲渡し等は、その個体等に係る登録票等とともにしなければならない。
３ 登録票等は、その登録票等に係る国際希少野生動植物種の個体等とともにする場合を除いては、譲渡し等をしてはならない。
４ 登録等に係る国際希少野生動植物種の個体等の譲受け又は引取りをした者（事前登録を受けた者から、その事前登録に係る原材料器官等に係る前条第１項本文の規定により記載をされた事前登録済証とともにその原材料器官等の譲受け又は引取りをした者を除く。）は、環境省令で定めるところにより、その日から起算して３０日（事前登録に係る原材料器官等の譲受け又は引取りをした者にあっては、３月）を経過する日までの間に環境大臣にその旨を届け出なければならない。
２ 第２０条第４項の規定は、盗難その他の事由により登録を受けた国際希少野生動植物種の個体等を亡失したことによって前項第１号に掲げる場合に該当して同項の規定により登録票を環境大臣に返納した後その個体等を回復した場合について準用する。
２ 環境大臣は、前項の申請をした者が次の各号のいずれかに該当するときは、同項の規定による指定（以下第２６条までにおいて「指定」という。）をしてはならない。
| イ | この法律に規定する罪を犯して刑に処せられ、その執行を終わり、又はその執行を受けることがなくなった日から起算して２年を経過しない者 |
| ロ | 第２６条第２項の規定による命令により解任され、その解任の日から起算して２年を経過しない者 |
３ 環境大臣は、指定をしたときは、指定に係る個体等に関する登録関係事務を行わないものとする。
４ 環境大臣は、指定をしたときは、その旨を官報で公示しなければならない。
５ 指定を受けた法人（以下この節及び第６３条において「指定登録機関」という。）がその登録関係事務を行う場合における第２０条から前条までの規定の適用については、これらの規定中「環境大臣」とあるのは、「指定登録機関」とする。
２ 指定登録機関は、毎事業年度の事業計画及び収支予算を作成し、その事業年度の開始前に（指定を受けた日の属する事業年度にあっては、指定を受けた後遅滞なく）環境大臣の認可を受けなければならない。
これを変更しようとするときも、同様とする。
３ 指定登録機関は、毎事業年度の経過後３月以内に、その事業年度の事業報告書及び収支決算書を作成し、環境大臣に提出しなければならない。
４ 指定登録機関は、環境大臣の許可を受けなければ、その登録関係事務の全部又は一部を休止し、又は廃止してはならない。
５ 環境大臣は、指定登録機関が前項の許可を受けてその登録関係事務の全部若しくは一部を休止したとき、又は指定登録機関が天災その他の事由によりその登録関係事務の全部若しくは一部を実施することが困難となった場合において必要があると認めるときは、その登録関係事務の全部又は一部を自ら行うものとする。
６ 環境大臣が前項の規定により登録関係事務の全部若しくは一部を自ら行う場合、指定登録機関が第４項の許可を受けてその登録関係事務の全部若しくは一部を廃止する場合又は環境大臣が第２６条第３項若しくは第４項の規定により指定を取り消した場合における登録関係事務の引継ぎその他の必要な事項は、環境省令で定める。
２ 登録関係事務に従事する指定登録機関の役員又は職員は、刑法（明治４０年法律第４５号）その他の罰則の適用については、法令により公務に従事する職員とみなす。
２ 環境大臣は、指定登録機関の役員が第２４条第１項から第４項まで若しくは前条第１項の規定に違反する行為をしたとき、第２４条第１項の規程によらないでその登録関係事務を実施したとき、又は前項の規定による命令に違反する行為をしたときは、指定登録機関に対し、その役員を解任すべきことを命ずることができる。
３ 環境大臣は、指定登録機関が第２３条第２項第１号又は第３号に該当するに至ったときは、指定を取り消さなければならない。
４ 環境大臣は、指定登録機関が第２４条第１項から第４項までの規定に違反したとき、同条第１項の規程によらないでその登録関係事務を実施したとき、第１項又は第２項の規定による命令に違反したときその他その登録関係事務を適正かつ確実に実施することができないと認めるときは、指定を取り消すことができる。
５ 第２３条第４項の規定は、前２項の規定による指定の取消しについて準用する。
２ 前項の規定による立入検査をする職員は、その身分を示す証明書を携帯し、関係者に提示しなければならない。
３ 第１項の規定による権限は、犯罪捜査のために認められたものと解釈してはならない。
２ 前項の規定により指定登録機関に納められた手数料は、指定登録機関の収入とする。
２ 特定国内種事業のうち加工品に係るものを行おうとする者は、あらかじめ、次に掲げる事項を、環境大臣及び加工品の種別に応じて政令で定める大臣（以下この節において「特定国内種関係大臣」という。）に届け出なければならない。
３ 第１項の規定による届出をした者は、その届出に係る事項に変更があったとき、又は特定国内種事業を廃止したときは、その日から起算して３０日を経過する日までの間に、その旨を環境大臣及び農林水産大臣に届け出なければならない。
４ 第１項及び前項に定めるもののほか、これらの規定による届出に関し必要な事項は、環境省令、農林水産省令で定める。
５ 第３項の規定は第２項の規定による届出をした者について、前項の規定は第２項の規定による届出について準用する。
この場合において、第３項中「農林水産大臣」とあるのは「特定国内種関係大臣」と、前項中「環境省令、農林水産省令」とあるのは「環境大臣及び特定国内種関係大臣の発する命令」と読み替えるものとする。
２ 前条第１項の規定による届出をして特定国内種事業を行う者は、環境省令、農林水産省令で定めるところにより、前項の規定により確認し又は聴取した事項その他特定国内希少野生動植物種の個体等の譲渡し等に関する事項を書類に記載し、及びこれを保存しなければならない。
３ 前２項の規定は、前条第２項の規定による届出をして特定国内種事業を行う者について準用する。
この場合において、前項中「環境省令、農林水産省令」とあるのは、「環境大臣及び特定国内種関係大臣の発する命令」と読み替えるものとする。
２ 環境大臣及び農林水産大臣は、第３０条第１項の規定による届出をして特定国内種事業を行う者が前項の指示に違反した場合においてその特定国内種事業を適正化して希少野生動植物種の保存に資することに支障を及ぼすと認めるときは、その者に対し、３月を超えない範囲内で期間を定めて、その特定国内種事業に係る特定国内希少野生動植物種の個体等の譲渡し又は引渡しの業務の全部又は一部の停止を命ずることができる。
３ 前２項の規定は、第３０条第２項の規定による届出をして特定国内種事業を行う者について準用する。
この場合において、前２項中「農林水産大臣」とあるのは「特定国内種関係大臣」と、第１項中「前条第１項又は第２項」とあるのは「前条第３項において準用する同条第１項又は第２項」と読み替えるものとする。
２ 前項の規定は、第３０条第２項の規定による届出をして特定国内種事業を行う者について準用する。
この場合において、前項中「農林水産大臣」とあるのは、「特定国内種関係大臣」と読み替えるものとする。
３ 第１項（前項において準用する場合を含む。次項において同じ。）の規定による立入検査をする職員は、その身分を示す証明書を携帯し、関係者に提示しなければならない。
４ 第１項の規定による権限は、犯罪捜査のために認められたものと解釈してはならない。
２ 前条の規定による届出をして特定国際種事業を行う者は、環境大臣及び特定国際種関係大臣の発する命令で定めるところにより、前項の規定により確認し又は聴取した事項その他特定器官等の譲渡し等に関する事項を書類に記載し、及びこれを保存しなければならない。
２ 環境大臣及び特定国際種関係大臣は、第３３条の２の規定による届出をして特定国際種事業を行う者が前項の指示に違反した場合においてその特定国際種事業を適正化して希少野生動植物種の保存に資することに支障を及ぼすと認めるときは、その者に対し、３月を超えない範囲内で期間を定めて、その特定国際種事業に係る特定器官等の譲渡し又は引渡しの業務の全部又は一部の停止を命ずることができる。
２ 前項の管理票が作成された特定器官等の譲渡し又は引渡しは、その管理票とともにするものとする。
３ 第１項の管理票の譲渡し又は引渡しは、その管理票に係る特定器官等とともにするものとする。
４ 環境大臣及び特定国際種関係大臣は、特定国際種事業を行う者が第１項各号に掲げる場合以外の場合に同項の管理票を作成し、又は虚偽の事項を記載した同項の管理票を作成した場合において必要があると認めるときは、３月を超えない範囲内で期間を定めて、その者が同項の規定により管理票を作成することを禁止することができる。
３ 環境大臣及び特定国際種関係大臣は、第１項の認定をしたときは、環境大臣及び特定国際種関係大臣の発する命令で定めるところにより、その申請をした者に対し、申請に係る製品ごとに、その製品について同項の認定があった旨を表示する標章を交付しなければならない。
４ 前項の標章は、その標章に係る認定を受けた製品以外の物に取り付けてはならない。
５ 前各項に定めるもののほか、第１項の認定及び第３項の標章に関し必要な事項は、環境大臣及び特定国際種関係大臣の発する命令で定める。
２ 環境大臣及び特定国際種関係大臣は、前項の申請をした者が次の各号のいずれかに該当するときは、同項の規定による指定（以下この節において「指定」という。）をしてはならない。
| イ | この法律に規定する罪を犯して刑に処せられ、その執行を終わり、又はその執行を受けることがなくなった日から起算して２年を経過しない者 |
| ロ | 第３３条の１１第２項の規定による命令により解任され、その解任の日から起算して２年を経過しない者 |
３ 指定を受けた法人（以下この節及び第６３条において「指定認定機関」という。）がその認定関係事務を行う場合における前条の規定の適用については、同条中「環境大臣及び特定国際種関係大臣」とあるのは、「指定認定機関」とする。
２ 指定認定機関は、毎事業年度の事業計画及び収支予算を作成し、その事業年度の開始前に（指定を受けた日の属する事業年度にあっては、指定を受けた後遅滞なく）環境大臣及び特定国際種関係大臣の認可を受けなければならない。
これを変更しようとするときも、同様とする。
３ 指定認定機関は、毎事業年度の経過後３月以内に、その事業年度の事業報告書及び収支決算書を作成し、環境大臣及び特定国際種関係大臣に提出しなければならない。
４ 指定認定機関は、環境大臣及び特定国際種関係大臣の許可を受けなければ、その認定関係事務の全部又は一部を休止し、又は廃止してはならない。
２ 認定関係事務に従事する指定認定機関の役員又は職員は、刑法その他の罰則の適用については、法令により公務に従事する職員とみなす。
２ 環境大臣及び特定国際種関係大臣は、指定認定機関の役員が第３３条の９若しくは前条第１項の規定に違反する行為をしたとき、第３３条の９第１項の規程によらないでその認定関係事務を実施したとき、又は前項の規定による命令に違反する行為をしたときは、指定認定機関に対し、その役員を解任すべきことを命ずることができる。
３ 環境大臣及び特定国際種関係大臣は、指定認定機関が第３３条の８第２項第１号又は第３号に該当するに至ったときは、指定を取り消さなければならない。
４ 環境大臣及び特定国際種関係大臣は、指定認定機関が第３３条の９の規定に違反したとき、同条第１項の規程によらないでその認定関係事務を実施したとき、第１項又は第２項の規定による命令に違反したときその他その認定関係事務を適正かつ確実に実施することができないと認めるときは、指定を取り消すことができる。
２ 前項の規定により指定認定機関に納められた手数料は、指定認定機関の収入とする。
２ 前項の規定による指定（以下この条において「指定」という。）は、指定の区域、指定に係る国内希少野生動植物種及び指定の区域の保護に関する指針を定めてするものとする。
３ 環境大臣は、指定をしようとするときは、あらかじめ、関係行政機関の長に協議するとともに、中央環境審議会及び関係地方公共団体の意見を聴かなければならない。
４ 環境大臣は、指定をしようとするときは、あらかじめ、環境省令で定めるところにより、その旨を公告し、公告した日から起算して４日を経過する日までの間、指定の区域、指定に係る国内希少野生動植物種及び指定の区域の保護に関する指針の案（次項及び第６項において「指定案」という。）を公衆の縦覧に供しなければならない。
５ 前項の規定による公告があったときは、指定をしようとする区域の住民及び利害関係人は、同項に規定する期間が経過する日までの間に、環境大臣に指定案についての意見書を提出することができる。
６ 環境大臣は、指定案について異議がある旨の前項の意見書の提出があったときその他指定に関し広く意見を聴く必要があると認めるときは、公聴会を開催するものとする。
７ 環境大臣は、指定をするときは、その旨並びに指定の区域、指定に係る国内希少野生動植物種及び指定の区域の保護に関する指針を官報で公示しなければならない。
９ 環境大臣は、生息地等保護区に係る国内希少野生動植物種の個体の生息又は生育の状況の変化その他の事情の変化により指定の必要がなくなったと認めるとき又は指定を継続することが適当でないと認めるときは、指定を解除しなければならない。
１０ 第３項、第７項及び第８項の規定は、前項の規定による指定の解除について準用する。
この場合において、第７項中「その旨並びに指定の区域、指定に係る国内希少野生動植物種及び指定の区域の保護に関する指針」とあるのは「その旨及び解除に係る指定の区域」と、第８項中「前項の規定による公示」とあるのは「第１０項において準用する前項の規定による公示」と読み替えるものとする。
１１ 生息地等保護区の区域内（次条第４項第８号に掲げる行為については、同号に規定する湖沼又は湿原の周辺１キロメートルの区域内）において同項各号に掲げる行為をする者は、第２項の指針に留意しつつ、国内希少野生動植物種の保存に支障を及ぼさない方法でその行為をしなければならない。
２ 環境大臣は、管理地区に係る国内希少野生動植物種の個体の生息又は生育の状況の変化その他の事情の変化により前項の規定による指定の必要がなくなったと認めるとき又はその指定を継続することが適当でないと認めるときは、その指定を解除しなければならない。
３ 前条第２項から第８項までの規定は第１項の規定による指定について、同条第３項、第７項及び第８項の規定は前項の規定による指定の解除について準用する。
この場合において、同条第７項中「その旨並びに指定の区域、指定に係る国内希少野生動植物種及び指定の区域の保護に関する指針」とあるのは前項の規定による指定の解除については「その旨及び解除に係る指定の区域」と、同条第８項中「前項の規定による公示」とあるのは「次条第３項において準用する前項の規定による公示」と読み替えるものとする。
４ 管理地区の区域内（第８号に掲げる行為については、同号に規定する湖沼又は湿原の周辺１キロメートルの区域内。第４０条第１項及び第４１条第１項において同じ。）においては、次に掲げる行為（第１０号から第１４号までに掲げる行為については、環境大臣が指定する区域内及びその区域ごとに指定する期間内においてするものに限る。）は、環境大臣の許可を受けなければ、してはならない。
５ 前項の許可を受けようとする者は、環境省令で定めるところにより、環境大臣に許可の申請をしなければならない。
６ 環境大臣は、前項の申請に係る行為が第３項において準用する前条第２項の指針に適合しないものであるときは、第４項の許可をしないことができる。
７ 環境大臣は、国内希少野生動植物種の保存のため必要があると認めるときは、その必要の限度において、第４項の許可に条件を付することができる。
８ 第４項の規定により同項各号に掲げる行為が規制されることとなった時において既に同項各号に掲げる行為に着手している者は、その規制されることとなった日から起算して３月を経過する日までの間に環境大臣に環境省令で定める事項を届け出たときは、同項の規定にかかわらず、引き続きその行為をすることができる。
９ 次に掲げる行為については、第４項の規定は、適用しない。
１０ 前項第１号に掲げる行為であって第４項各号に掲げる行為に該当するものをした者は、その日から起算して１４日を経過する日までの間に環境大臣にその旨を届け出なければならない。
２ 環境大臣は、前項の規定による指定をしようとするときは、その場所の土地の所有者又は占有者（正当な権原を有する者に限る。次項及び第４２条第２項において同じ。）の同意を得るとともに、関係行政機関の長に協議しなければならない。
３ 環境大臣は、土地の所有者又は占有者が正当な理由により第１項の規定による指定を解除するよう求めたとき、又はその指定の必要がなくなったと認めるときは、その指定を解除しなければならない。
４ 何人も、環境大臣が定める期間内は、立入制限地区の区域内に立ち入ってはならない。
ただし、次に掲げる場合は、この限りでない。
５ 第３６条第７項及び第８項の規定は第１項の規定による指定及び第３項の規定による指定の解除について、前条第５項及び第７項の規定は前項第３号の許可について準用する。
この場合において、第３６条第７項中「その旨並びに指定の区域、指定に係る国内希少野生動植物種及び指定の区域の保護に関する指針」とあるのは、第１項の規定による指定については「その旨及び指定の区域」と、第３項の規定による指定の解除については「その旨及び解除に係る指定の区域」と、同条第８項中「前項の規定による公示」とあるのは、「第３８条第５項において準用する前項の規定による公示」と読み替えるものとする。
２ 環境大臣は、前項の規定による届出（以下この条において「届出」という。）があった場合において届出に係る行為が第３６条第２項の指針に適合しないものであるときは、届出をした者に対し、届出に係る行為をすることを禁止し、若しくは制限し、又は必要な措置をとるべきことを命ずることができる。
３ 前項の規定による命令は、届出があった日から起算して３０日（３０日を経過する日までの間に同項の規定による命令をすることができない合理的な理由があるときは、届出があった日から起算して６０日を超えない範囲内で環境大臣が定める期間）を経過した後又は第５項ただし書の規定による通知をした後は、することができない。
４ 環境大臣は、前項の規定により期間を定めたときは、これに係る届出をした者に対し、遅滞なくその旨及びその理由を通知しなければならない。
５ 届出をした者は、届出をした日から起算して３０日（第３項の規定により環境大臣が期間を定めたときは、その期間）を経過した後でなければ、届出に係る行為に着手してはならない。
ただし、環境大臣が国内希少野生動植物種の保存に支障を及ぼすおそれがないと認めてその者に通知したときは、この限りでない。
６ 次に掲げる行為については、第１項の規定は、適用しない。
２ 環境大臣は、第３７条第４項若しくは第３８条第４項の規定に違反した者、第３７条第７項（第３８条第５項において準用する場合を含む。）の規定により付された条件に違反した者、前条第１項の規定による届出をしないで同項に規定する行為をした者又は同条第２項の規定による命令に違反した者がその違反行為によって国内希少野生動植物種の個体の生息地又は生育地の保護に支障を及ぼした場合において、国内希少野生動植物種の保存のため必要があると認めるときは、これらの者に対し、相当の期限を定めて、原状回復を命じ、その他国内希少野生動植物種の個体の生息地又は生育地の保護のため必要な措置をとるべきことを命ずることができる。
３ 環境大臣は、前項の規定による命令をした場合において、その命令をされた者がその命令に係る期限までにその命令に係る措置をとらないときは、自ら原状回復をし、その他国内希少野生動植物種の個体の生息地又は生育地の保護のため必要な措置をとるとともに、その費用の全部又は一部をその者に負担させることができる。
２ 環境大臣は、この法律の施行に必要な限度において、その職員に、生息地等保護区の区域内において前項に規定する者が所有し、又は占有する土地に立ち入り、その者がした行為の実施状況について検査させ、若しくは関係者に質問させ、又はその行為が国内希少野生動植物種の保存に及ぼす影響について調査をさせることができる。
３ 前項の規定による立入検査又は立入調査をする職員は、その身分を示す証明書を携帯し、関係者に提示しなければならない。
４ 第１項及び第２項の規定による権限は、犯罪捜査のために認められたものと解釈してはならない。
２ 環境大臣は、その職員に前項の規定による立入りをさせようとするときは、あらかじめ、土地の所有者又は占有者にその旨を通知し、意見を述べる機会を与えなければならない。
３ 第１項の規定による立入りをする職員は、その身分を示す証明書を携帯し、関係者に提示しなければならない。
４ 土地の所有者又は占有者は、正当な理由がない限り、第１項の規定による立入りを拒み、又は妨げてはならない。
２ 行政不服審査法第１８条の規定は、前項の処分について、処分庁が誤って審査請求又は異議申立てをすることができる旨を教示した場合に準用する。
２ 前項の補償を受けようとする者は、環境大臣にその請求をしなければならない。
３ 環境大臣は、前項の請求を受けたときは、補償をすべき金額を決定し、その請求をした者に通知しなければならない。
４ 前項の規定による金額の決定に不服がある者は、同項の規定による通知を受けた日から起算して３月を経過する日までの間に、訴えをもってその増額の請求をすることができる。
２ 前項の保護増殖事業計画は、保護増殖事業の対象とすべき国内希少野生動植物種ごとに、保護増殖事業の目標、保護増殖事業が行われるべき区域及び保護増殖事業の内容その他保護増殖事業が適正かつ効果的に実施されるために必要な事項について定めるものとする。
３ 環境大臣等は、第１項の保護増殖事業計画を定めたときは、その概要を官報で公示し、かつ、その保護増殖事業計画を一般の閲覧に供しなければならない。
４ 第１項及び前項の規定は、第１項の保護増殖事業計画の変更について準用する。
２ 地方公共団体は、その行う保護増殖事業であってその事業計画が前条第１項の保護増殖事業計画に適合するものについて、環境大臣のその旨の確認を受けることができる。
３ 国及び地方公共団体以外の者は、その行う保護増殖事業について、その者がその保護増殖事業を適正かつ確実に実施することができ、及びその保護増殖事業の事業計画が前条第１項の保護増殖事業計画に適合している旨の環境大臣の認定を受けることができる。
４ 環境大臣は、前項の認定をしたときは、環境省令で定めるところにより、その旨を公示しなければならない。
第４８条第２項又は第３項の規定によりこれを取り消したときも、同様とする。
２ 認定保護増殖事業等として実施する行為については、第９条、第３７条第４項及び第１０項、第３８条第４項、第３９条第１項並びに第５４条第２項及び第３項の規定は、適用しない。
３ 生息地等保護区の区域内の土地の所有者又は占有者は、認定保護増殖事業等として実施される給餌設備その他の保護増殖事業のために必要な施設の設置に協力するように努めなければならない。
４ 環境大臣は、前条第３項の認定を受けて保護増殖事業を行う者に対し、その保護増殖事業の実施状況その他必要な事項について報告を求めることができる。
２ 環境大臣は、前項の規定による通知があったときは、その通知に係る第４６条第２項の確認又は同条第３項の認定を取り消すものとする。
３ 環境大臣は、第４６条第３項の認定を受けた保護増殖事業が第４５条第１項の保護増殖事業計画に即して行われていないと認めるとき、又はその保護増殖事業を行う者がその保護増殖事業を適正かつ確実に実施することができなくなったと認めるとき若しくは前条第４項に規定する報告をせず、若しくは虚偽の報告をしたときは、その認定を取り消すことができる。
２ 前項の規定により環境大臣の権限の一部を行う職員（次項において「希少野生動植物種保存取締官」という。）は、その権限を行うときは、その身分を示す証明書を携帯し、関係者に提示しなければならない。
３ 前２項に規定するもののほか、希少野生動植物種保存取締官に関し必要な事項は、政令で定める。
３ 希少野生動植物種保存推進員は、名誉職とし、その任期は３年とする。
４ 希少野生動植物種保存推進員が希少野生動植物種の個体に関する調査で環境省令で定めるもののためにする捕獲等については、第９条の規定は、適用しない。
５ 環境大臣は、希少野生動植物種保存推進員が、その職務の遂行に支障があるとき、その職務を怠ったとき、又はこの法律の規定に違反し、その他希少野生動植物種保存推進員たるにふさわしくない非行があったときは、これを解嘱することができる。
２ 環境大臣又は経済産業大臣等は、前項の納付期限までに負担金を納付しない者があるときは、環境省令、経済産業省令で定めるところにより、督促状で期限を指定して督促しなければならない。
３ 環境大臣又は経済産業大臣等は、前項の規定による督促をしたときは、環境省令、経済産業省令で定めるところにより、負担金の額に、年１４・５パーセントを超えない割合を乗じて、第１項の納付期限の翌日からその負担金の完納の日又はその負担金に係る財産差押えの日の前日までの日数により計算した額の延滞金を徴収することができる。
４ 環境大臣又は経済産業大臣等は、第２項の規定による督促を受けた者が、同項の督促状で指定した期限までにその納付すべき負担金及びその負担金に係る前項の延滞金（以下この条において「延滞金」という。）を納付しないときは、国税の滞納処分の例により、その負担金及び延滞金を徴収することができる。
この場合における負担金及び延滞金の先取特権の順位は、国税及び地方税に次ぐものとする。
２ 国の機関又は地方公共団体は、第９条第２号及び第３号に掲げる場合以外の場合に国内希少野生動植物種等の生きている個体の捕獲等をしようとするとき、第１２条第１項第２号から第７号までに掲げる場合以外の場合に希少野生動植物種の個体等の譲渡し等をしようとするとき、又は第３７条第４項若しくは第３８条第４項第３号の許可を受けるべき行為に該当する行為をしようとするときは、総理府令で定める場合を除き、あらかじめ、国の機関にあっては環境大臣に協議し、地方公共団体にあっては環境大臣に協議しその同意を得なければならない。
３ 国の機関又は地方公共団体は、第３７条第８項の規定により届出をして引き続き同条第４項各号に掲げる行為をすることができる場合に該当する場合にその行為をするとき、又は同条第１０項若しくは第３９条第１項の規定により届出をすべき行為に該当する行為をし、若しくはしようとするときは、環境省令で定める場合を除き、これらの規定による届出の例により、環境大臣にその旨を通知しなければならない。