DNAマイクロアレイ関連のリンク集

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Opinion(アレイについての私的雑感)
論文の斜め読み(ミニ・レビュー)
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日経バイオテク
www.Gene-Chips.com アレイに関する包括的なリンク集
Microarray & Data Analysis アレイのデータ解析関連の論文のリスト
A collaborative project led by Virginia Tech and the Forest Biotechnology Group at North Carolina State University
The Stanford microarray database Stanfordの統合マイクロアレイ・データベース
MGED group アレイによる発現解析のデータ記述の規格策定を目指すグループ.MIAMEを提唱している.
Rice Microarray Openning Site イネ (RGP)
Torrey Mesa Research Institute イネ等 (NADII)
Arabidopsis Functional Genomics Consortium アラビドプシス
The TIGR Potato Genome Project バレイショ (ポテトChips)
ZmDB: Maize Genome Database トウモロコシ
日本バイオインフォマティクス学会 (アレイインフォマティクス研究会)
DNAmicroarray.org 坊農さん主催のDNAマイクロアレイ関連のサイト
装置メーカー go_top
アレイリーダー go_top
Affymetrix Affymetrix方式
Agilent Technologies 光源はレーザー,検出器はCCD?,光学系は共焦点?,オートローダー(48検体)内臓,高分解能(5micrometer),ハイブリダイゼーションチャンバーのおまけ付き,らしい
Applied Precision 大量処理向け!励起波長の選択範囲が広い (レーザーを使わない),検出器は冷却CCD
新製品(廉価版?)も登場
AXON instulments,国内代理店インターメディカル 光源はレーザー,検出器はPMT,非共焦点,光学フィルター:海外ではAmaersham Pharmacia BiotechへOEM
富士フィルム 光源はレーザー、検出器はPMT、光学系は共焦点−非共焦点切換
GeneFocus
Genetic Micro Systems (GMS)(Affymetrixに吸収された) 光源はレーザー,検出器はPMT,光学系は共焦点
Genomic Solutions (GS)
GSI Lumonics (GSI)
日立ソフトウエアエンジニアリング 光源はハロゲンランプ,検出器は冷却CCD,光学フィルター使用
Hyseq Affymetrix方式
Molecular Dynamics (MD) 光源はレーザー,検出器はPMT,光学系は共焦点
Nanogen センサーチップ・アレイ
日本レーザー電子 (NLE) 光源はレーザー,検出器はPMT,光学フィルター
超高速Array scannerも登場
Scanalytics
Tecan Japan LS Scanner
スライド・ホルダーはマイクロプレートと同サイズで、ロボットアームによるハンドリングが可能。
Virtek vision international スキャンが高速,レーザーは5波長まで対応
スポッター go_top
BioRobotics,池田理科
Cartesian Technologies 500万円のスポッター,インクジェット・プリンタ方式等
Cytonix Corporation
Genemachines
Genetic Micro Systems (GMS)
日立ソウフトウエアエンジニアリング SPBIOIIになった
日本レーザー電子 (NLE) 350万円のスポタッター
カケンジェネティクス アレイの受託製造も行っている
ニチリョー CHOT(チョット)シリーズ,パッケージ3
ニップンテクノクラスタ 2003/06/03開設
Packard instulment company インクジェット・プリンタ方式
Rosetta Inpharmatics, Inc インクジェット・プリンタ方式
TeleChem International
ソフトウエア go_top
Applied Maths アレイの解析ツール以外に各種のbioinfomatics関連のツールがある.
BioDiscovery, Inc,宝酒造 アレイ設計,発現解析各種
富士フィルム Array Gaugeなど
GeneData AG
Gene Logic
インフォコム,Umetrics 主成分分析,PLSをサポート(SIMCA-P
Applied Mathnの製品も扱っている.アレイの解析よりは,メタボローム解析の方面で有効性を発揮しそう.
Media Cybernetics, Array-Pro Analyzer スポットの数値化ソフトとしてはなかなか.
Mind Ware SOM専用ツール(Viscovery SOMine).使い勝手にちょっと癖がありますが,SOM専用ソフトとしては良くできています.ただしHelpファイルの訳は不出来.
Molmine J-Express: Javaで書かれた発現解析ツール。大変よくできている.Academic usersは無料で利用できる.ver. 2.1に改訂。
日本レーザー電子 (NLE)
Research Genetics
Rosetta Bio Software Rosetta resolver system,発現解析データベースシステムというより,もはや発現プロファイルと連動する知識ベース(Knowledge Base)システム。きわめて多機能だが,使いこなす側の能力が問われそう。 (横河アナリティカル高田様,箕浦様,情報提供ありがとう御座います)
SAS institute Japan JMP:統計パッケージ・ver.4.0.4からSOMをサポート.日本語版もついに出ました.私はこれを愛用していますが,SOMの分類能力にはちょっと疑問.
Silicon Genetics 代理店
Spotfie 可視化ツール
ワールド・フュージョン,InforMax 発現解析ツール(Xpression NTI)など.
Xanagen アレイの解析ツールではありませんが,Batch Learning SOMを採用した自己組織化マップツールを開発しています。
番外 GEML 遺伝子発現データ記述用のXML
試薬 go_top
標識試薬他
Amersham Pharmacia Biotech Cy-5,Cy-3, 標識キット
Clontech 標識キット
Invitrogen 標識キット
第一薬品(NEN 第一薬品(Cy-5,Cy-3)
宝酒造 Label-ItRNA labeling
ベンダー go_top
アマシャム・ファルマシア AffymetrixとMD
BM機器 GSIの製品
エムエス機器 Virtek vision internationalの製品
宝酒造 GMSとBio Discoveryの製品
総合的サービス (データベース等Informaticsまでを包括) go_top
Agilent Technologies インクジェット方式のオリゴまたはcDNAアレイ製造,解析
アマシャム・ファルマシア
GeneData AG 発現解析サービス(2001/02/19)
GENOMETRIX 受託分析
日立ソウフトウエア
クラボウIncyte
日本レーザー電子 (NLE) オリゴ・アレイの受託
ノバスジーン 発現解析・SNPs解析
Rosetta Inpharmatics, Inc
受託製造 (製造・読み取り・画像解析まで)
アジレントテクノロジーズ 受託製造
クロンテック 受託製造
ディスカバリー・バイオテクノロジーズ株式会社 受託製造
DNAチップ研究所 受託製造
北海道システムサイエンス 受託製造
国際試薬株式会社 受託製造
国産化学株式会社 受託製造
日清紡 受託製造
Promega 受託製造
シグマジェノシスジャパン株式会社 受託製造
SciMedia 受託製造・解析(2001/06/18)
寶バイオ 受託製造
東洋紡 受託製造
研究室 go_top
東京大学医科学研究所 ヒトゲノム解析センター
中村研究室
マイクロアレイについての丁寧な技術的解説とプロトコルのPDFファイル
Patrick O. Brown lab located at Stanford University 元祖マイクロアレイ(出芽酵母)
Terry Speed's Microarray Data Analysis Group Page Micoarrayのデータ解析に関わる統計的な問題点がよく整理されている.
京都大学化学研究所金久研究室
九州大学大学院 生物資源環境科学研究科
遺伝子資源工学専攻 遺伝子制御学 研究室
酵母のアレイ
NHGRI Microarray Project: Home Page
Stanford Breast Cancer Microarray Project
The Whitehead/MIT Genome Center's Molecular Pattern Recognition web site パターン認識
国立小児病院小児医療研究センター 改組:追跡中
MOLECULARONCOLOGY AND DEVELOPMENT
in the Department of Molecular Biotechnology at the University of Washington
Gene Expression Data Analysis Department of Biostatistics & Medical Informatics University of Wisconsin
将来キーとなるかもしれない技術に関するリンクを開拓? surface plasmon resonance (SPR)
標識の必要がない.高速である.
プローブとターゲットのホモロジーの情報がえられる.等のメリットが期待される.アレイの高密度化と製造技術に課題.