当然、前述のルールに則って対局を行いますが、実際の対局方法も数通りあります。大まかに言えば「初心者用」「級位者用」「有段者用」の三つに分けられますが、これは棋力（例えば「段」、「級」などが指標になります）の向上と共に定石の研究が進んでいくにつれて、どうしても「黒（先手）が優勢」から「黒（先手）勝勢」に変化していってしまうからです。そうなっていくとゲームとしての魅力が半減されてしまってやればやるほど面白みがなくなり、結局黒白決定の運が大きく左右するゲームに落ちついてしまいます。そこで、この「連珠」と言うゲームに更に深みをもたせ、対局当事者の先後による有利不利を是正するため（勝負を行う上での均衡を保つために）、いろいろな対局方法が考案されました。

自由打ち/握り打ち/珠型指定/五珠２ヶ所指定打ち/三珠交替五珠２ヶ所打ち/

• 先手は一手目を天元に打ち、あとは白黒交互に打ちます。

　　

真ん中の●に一手目を置けば後は制限がありません。即ち「自由」打ち

【解説】
　基本的かつ、汎用性の高い対局方法。でも、この自由打ちではどうしても先手有利が否めなく、殆どの場合後手は相手の攻めが終わるまでじっと耐えるしかありません。６、７級以下の方同士の対局の際、先後二番勝負で取り入れられることもありますが、現在の通常の競技会ではこの自由打ちは殆ど採用になっていません。ですが、インターネット系の対局サイトでは殆どの所が自由打ちが採用されています。初心者向け。

【先後握り】

1. 対局する両者でお互いに任意の数の石を握り、相手に見せないようにそのまま盤の上に手を開かずに置きます。
2. 手を広げて両者の握っていた石の合計を数えます。
3. 合計が「奇数」なら先後はそのまま継続、「偶数」なら先後を入れ替えます。

【珠型握り】

1. 「先後握り」と同様にお互いに石を握り、合計数を数えます。
2. 合計数が「奇数」なら白の一手目が「間接止め」A、「偶数」なら「直接止め」Bになります。　

　理論的・戦術的に観ても、次の白の一手はA,Bのいずれかの点が最善です。仮に離れた所に打ったとしても、次に黒が「連」を作ってしまったなら白が圧倒的に不利になることは目に見えてます。

3. さらにもう一度「先後握り」と同様にお互いに石を握り、合計数を数えます。
4. 合計数を12個ずつ取り除いていき、余りの数を数えます。（余らないときは「12個余った」と考えてください）
5. 余った数を下の図の番号に当てはめて、そこに黒の第三手を打ちます。

   第三手目までの形を「珠型」と呼びます。ココから対局を始めます。

「間接打ち」　　　「直接打ち」

【解説】　
　自由打ちでの白（後手）のハンディキャップを、第三手まで黒の着手を制限して改善させる対局方法です。図では１３まで番号が振っているのになぜ12個ずつ取り除くようにしているのか、と疑問を持たれると思いますが、これは「間接打ち・13号」、「直接打ち・13号」は後手必勝の手順がある事が証明されたため、指定から取り除く事となっております。また、「珠型」と言う概念の導入によって「定石」・「研究」の系統だてがしやすくなり、それに伴い棋力の上昇も考えられるので、もっぱらこの対局方法は中級者（6級以上有段者未満））の対局に取り入れられております。「珠型」にはそれぞれ名称があります。　→名称へ

1. 先後を決定した後、白が「珠型」を選択し、対局を始めます。

【解説】
　珠型を決定する権利を白に与え、第三手までの黒の着手を制限して勝負の均衡性を保とうとする対局方法。「握り打ち」と同様、中級者レベルの対局に取り入れられることが多い。

1. 「珠型」を決定し（握りでもそうでなくてもかまわない）、白が四手目まで打ちます。
2. 黒が第5手目を二ヵ所示します。
3. 白がそのうちの一ヵ所を選択して白6を打ち、後は通常の対局となります。

　

�T　「先手が5手目をA,Bと、二ヵ所示しました。」

　　

�U　後手が「B」を選んで白６と打ち、対局がはじまります。

【解説】
　研究が進むにつれて、珠型指定打ち・握り打ちでも出てくる珠型によって（最善の対応をすれば）「黒優勢」の旗色が鮮明になってきました。なかでも「浦月」や「花月」を引き当てれば（または指定されれば）その時点で黒の優勢が決定付けられると言う事態もあり、その対策方法として第5手目まで白に主導権を与える「二ヵ所指定打ち」が考案され、主として有段者同士の対局に用いられています。ちなみに、黒の第5手の正着を「定石」と呼びます。また、「有段者なら定石を知っていて当然」の意味もこめられているようです。