Dufreneが開発したIndValを使いこなそう！

Dufreneが開発したIndValを使いこなそう！

　IndValは、Dufrene(1997)が作成した指標種とそのサンプル群の特徴付けを見つける簡単な方法です。
　ここでは，彼の示したIndValを起動してゴミムシ類のカテゴリー分けを行うためのソフトを動かせてみましょう！
　まず，DufreneのホームページからIndValのソフトをダウンロードし，インストールします。HPのURLは，
http://biodiversite.wallonie.be/outils/indval/home.html
です。Windows版のPCをお持ちの方は，HPの「the IndVal directory for PC: the IndVal applications for Windows (95, NT, 2000, XP)」からソフトをダウンロードしましょう。

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IndValマニュアル（管理者訳）

　ダウンロードが終わりましたら，これからダミーデータを使ってIndValが正常に起動し，オペレートするかどうかを確認します。これから使います３つのテキストファイル又はcsvファイルは，ダウンロード時に同時に入手できますから，それぞれのファイルに以下のようなダミーデータを入力して下さい。コピー貼り付けが出来ればそれでもOKです。
　まず，
「Carsampl.txt」というファイルには，本来はそれぞれの環境で採集された個体数を入力するのですが，ここでは，ダミーデータとして，それぞれ30個単位のダミーデータを入れます。以下の通りです。

0 1 0 9 3 2 0 0 0 0 4 7 0 4 0 0 0 0 2 0 0 13 1 0 3 4 2 8 0 3
0 0 10 0 1 0 0 1 1 1 2 3 2 1 1 0 0 2 2 0 1 2 21 1 2 3 2 0 0 10
2 1 0 1 1 0 2 0 2 0 3 2 0 1 1 0 1 2 3 1 1 2 0 0 0 7 9 6 2 1
0 1 0 14 2 2 0 0 0 0 4 7 0 4 0 0 0 3 2 0 0 2 3 1 0 3 9 8 6 21
2 1 0 1 1 0 2 0 2 0 3 2 0 1 1 0 1 2 1 1 1 2 0 0 0 0 0 0 13 2
0 10 0 4 2 1 0 3 1 5 4 8 0 4 0 0 3 0 6 0 1 0 3 4 0 0 3 7 2 1
0 0 0 0 1 10 1 2 0 0 2 2 0 1 1 0 0 2 2 0 0 0 2 5 12 10 0 2 1 3
0 1 0 1 2 1 0 0 0 0 4 7 0 4 0 0 0 0 6 0 0 0 0 0 3 2 1 0 0 0
0 1 0 4 2 3 0 0 0 0 4 7 0 4 0 9 0 0 2 0 0 8 0 0 0 1 3 2 1 8
0 0 0 0 1 0 0 0 0 0 2 2 0 1 1 0 0 2 2 0 1 7 9 3 0 0 0 4 2 1
0 1 5 14 2 1 0 0 0 0 4 7 0 4 0 2 0 0 2 0 2 7 8 1 0 0 0 0 2 1
0 0 0 0 1 10 1 2 0 0 2 2 0 1 1 1 0 3 2 0 0 8 1 1 1 3 0 2 12 9
0 1 0 4 2 1 0 3 1 5 4 8 3 4 0 4 3 0 6 0 2 5 7 8 2 1 2 4 0 0
2 1 0 1 1 0 2 0 2 0 3 2 0 1 1 0 1 2 2 1 1 0 0 0 2 1 1 0 0 2
0 4 0 4 2 2 0 0 0 0 14 7 0 4 0 2 10 0 2 0 0 1 1 3 1 2 0 0 2 3
0 1 0 4 2 11 0 0 0 0 4 7 0 4 0 3 3 3 2 2 1 7 5 0 0 0 6 3 7 0
0 5 0 4 2 1 0 0 0 0 4 7 0 4 0 0 0 0 2 0 0 6 5 3 0 1 1 2 1 6
0 11 0 4 2 1 0 0 0 0 4 7 0 4 0 0 3 0 3 0 0 0 0 1 1 0 0 1 0 0
0 1 0 1 1 10 1 2 0 0 2 2 0 1 1 0 0 2 2 0 0 3 5 4 2 0 0 0 2 2
0 1 0 4 2 3 0 1 1 1 4 7 0 4 1 0 0 0 2 1 1 0 0 0 3 4 5 0 0 1
2 1 0 1 1 0 2 0 2 0 3 2 0 1 1 0 1 2 2 1 2 2 2 1 0 0 2 1 0 4

と入力して，最終行を必ず改行して下さい。

　次に，「cargroup.txt」というテキストファイルですが，これは本来はそれぞれの種のカテゴリー分けしたカテゴリー番号をふります。今回，これにはダミーデータとして，

1 1 1 1 1 1 2 3 3 3
1 1 1 1 1 1 2 2 2 2
1 1 2 2 2 2 2 3 3 4
1 2 3 4 5 6 7 8 9 9
1 1 1 1 1 1 1 2 3 3
1 2 3 3 3 5 5 5 5 6
1 1 1 1 1 2 2 3 3 3
1 2 2 2 2 3 3 3 3 4
1 1 1 2 3 4 5 6 7 8
1 2 2 3 3 3 3 4 4 5
1 1 1 1 1 2 2 2 2 2
1 2 2 2 2 3 3 3 4 5
1 2 3 4 5 6 7 8 9 10
1 2 2 3 3 3 4 5 6 7
1 1 1 2 3 3 3 4 4 4
1 1 2 2 2 3 3 3 3 4
1 1 1 1 1 1 1 1 1 1
1 2 2 2 3 3 3 4 4 5
1 2 3 4 4 5 6 7 8 9
1 1 2 2 2 3 3 3 3 3
1 1 1 1 1 2 2 2 2 2
1 1 1 2 3 3 4 4 5 5
1 1 1 1 1 1 1 1 2 2
1 2 3 4 5 5 5 5 5 5
1 1 1 1 1 1 3 4 5 6
1 1 1 1 1 2 3 4 5 6
1 1 1 2 2 2 2 2 3 4
1 2 2 2 2 3 4 5 6 7
1 2 2 2 2 2 3 3 4 5
1 1 1 1 1 1 1 1 1 2

と入れましょう。最終行には同様に改行を必ず入れて下さい。

　最後は，「carnames.txt」のテキストファイルですが，ここには種名が入ります。しかし，最終的には10文字までしかアウトプットされません。ここではダミーデータとして，

ｷｭｳｼｭｳｸﾛﾅｶﾞｵｻﾑｼ
ｶﾜﾁﾏﾙｸﾋﾞｺﾞﾐﾑｼ
ﾅｶﾞﾋｮｳﾀﾝｺﾞﾐﾑｼ
ﾖﾂﾓﾝｺﾐｽﾞｷﾞﾜｺﾞﾐﾑｼ
ｷｱｼﾇﾚﾁｺﾞﾐﾑｼ
ｵｻﾑｼﾓﾄﾞｷ
ﾄｯｸﾘﾅｶﾞｺﾞﾐﾑｼ
ｺﾎｿﾅｶﾞｺﾞﾐﾑｼ
ｺｶﾞｼﾗﾅｶﾞｺﾞﾐﾑｼ
ﾒﾀﾞｶﾁﾋﾞｶﾜｺﾞﾐﾑｼ
ｾｱｶﾋﾗﾀｺﾞﾐﾑｼ
ﾏﾙｶﾞﾀｺﾞﾐﾑｼ
ｲｸﾞﾁﾏﾙｶﾞﾀｺﾞﾐﾑｼ
ｵｵｺﾞﾓｸﾑｼ
ｸﾛｺﾞﾓｸﾑｼ
ｱｶｱｼﾏﾙｶﾞﾀｺﾞﾓｸﾑｼ
ﾋﾒｷﾍﾞﾘｱｵｺﾞﾐﾑｼ
ｺｶﾞｼﾗｱｵｺﾞﾐﾑｼ
ｱｵｺﾞﾐﾑｼ
ｵｵｷﾍﾞﾘｱｵｺﾞﾐﾑｼ
ﾐｲﾃﾞﾗｺﾞﾐﾑｼ

の21種のダミーデータを入れ，やはり最終行には必ず改行を入れます。

　これで準備完了です。

　「Carsampl」や「cargroup」の数字はタブ区切りや1半角スペースで数字が入っているでしょうか？最後の数字の後に余分なスペースが入っていたりしませんか？あるいは入力数字が一つ飛んでいたりしてませんか？それがあるとIndValは正常にオペレートしません。
　では，実際にIndValを動かせてみましょう！

IndValのオペレート（和訳）

　さあ，「indval」をダブルクリックしてソフト起動させ，以下の通りに入力してみて下さい。
************************************************
種サンプル：

* A1 : 種サンプルファイル名は？
ファイル名： Carsampl.txt

* A2 : データセットの種数（最大 : 300）
21

* A3 : データセットのサンプル数（最大 : 500）
30

* A4 : データの出力を望んでいますか？(yes = 1、 no = 0)
0

種*サンプルのデータセットを読み込みます…

不在のすべての合計： 1173.00

サンプルの分類：
* A5 : サンプル幾何ファイルの名前？
ファイル名： cargroup.txt

* A6 : データセットにおけるパーティションの数（最大 : 25）
10

* A7 : データ出力を望みますか？(yes = 1、 no = 0)
0

サンプル*パーティションのデータセットを読みます…

パーティション1のための最大クラス値は1です。
パーティション2のための最大クラス値は2です。
パーティション3のための最大クラス値は3です。
パーティション4のための最大クラス値は4です。
パーティション5のための最大クラス値は5です。
パーティション6のための最大クラス値は6です。
パーティション7のための最大クラス値は7です。
パーティション8のための最大クラス値は8です。
パーティション9のための最大クラス値は9です。
パーティション10のための最大クラス値は10です。

すべての値の合計： 801.00

* A8 : これらすべてのパーテーションは，階層的幾何を説明していますか？
(yes = 1、 no = 0)？
1

階層的な幾何立証：

階層的デンドログラム：

---+-------------------------------
1 | 1
2 | 1-----------------2
3 | 1-----2 3
4 | 1 2 3-----4
5 | 1 2 3--4 5
6 | 1 2--3 4 5 6
7 | 1 2 3--4 5 6 7
8 | 1--2 3 4 5 6 7 8
9 | 1 2 3 4 5--6 7 8 9
10| 1 2 3 4 5 6 7 8 9-10

種名：

* A9 : 種名ファイルの名前？
ファイル名： carnames.txt

種名のdatasetを読み込みます…

高度なオプション(yes = 1、 no = 0)を望んでいますか？
0

C. 指標価の計算
**********************************
Index = 基本的なIndval指数

インデックスの計算が始まる…

D. RANDOMNIZATION :
*******************
* D1 : 繰返しの数(0、 499、 999、 ...) ？
499

* D2 : 乱数発生器(小さい整数)のための種？
5

* D3 : 有意水準？ (例えば0.05、0.01)
0.01
ランダムな並べ替えが始まる…

繰返し数が始まる： 500

コンピューティング作動…

E. 出力
**********

　on　　　　　　　　　　　　　ファイル　　　スクリーン

* グループにおける種の頻度　： 1 　　　　　　 2
* 種によるIndVal　　　　　　： 3 4
* パーティションによるIndVal ： - 6

階層構造のみのために：

* 双方向の表　　　　　　　　　： 7 8
* 最大値IndVal表　　： - 9
* 比較標準： - 10

出口： 0

* 貴方の選択？
1

* E1 : サンプルグループでの種の頻度を持つアウトプットファイルの名前？
ground beetles (2000)

* E3 : パーティションのために、どの表を望むか？
(0 = all、 1、 2、 ...)
5

データ書き込み…

E. 出力
**********

　on ファイルスクリーン

* グループにおける種の頻度　　　　　: 1 2
* 種によるIndVal : 3 4
* パーテーションによるIndVal : - 6

階層構造のみのために：

* 双方向の表　　　 : 7 　　　　　 8
*最大値IndVal表　　 : - 9
* 比較標準 : - 10

出口： 0

* 選択？
0

F. 確認
*******************

*** プログラム***の終わり

停止

　出来上がったファイルのエクセルでの作成
**************************************************
　ground beetles (2000)というテキストファイルが出来ていますか。それにはまだ拡張子がついていませんね。
　そこで，

　プログラム　→　エクセル　→　開く　→　「すべてのファイル」で指定　→　開く　→　タブ区切り指定　→　区切りのマークを「＠」にする　→　ファイル出来る
→　名前をつけて保存する

　こうして，アウトプットがエクセルの表になりました。

IndValの出力

　IndValは正常に動きましたか？
　そして，下表のようなアウトプットが出来ましたでしょうか？

Partition : 5
Species IndVal Class 1 2 3 4 5
ｷｭｳｼｭｳｸﾛﾅｶ 17.29 4 19./ 7 17./ 3 19./ 3 2./ 1 9./ 1
ｶﾜﾁﾏﾙｸﾋﾞｺﾞ 23.66 1 40./ 7 16./ 4 8./ 6 2./ 1 3./ 2
ﾅｶﾞﾋｮｳﾀﾝｺﾞ 34.47 4 19./ 9 20./ 5 8./ 5 3./ 1 1./ 1
ﾖﾂﾓﾝｺﾐｽﾞｷﾞ 21.63 5 34./ 6 30./ 4 11./ 4 2./ 1 15./ 2
ｷｱｼﾇﾚﾁｺﾞﾐﾑ 17.67 4 13./ 8 16./ 3 8./ 5 1./ 1 1./ 1
ｵｻﾑｼﾓﾄﾞｷ 39.23 4 24./ 7 23./ 5 11./ 4 6./ 1 8./ 2
ﾄｯｸﾘﾅｶﾞｺﾞﾐ 21.37 4 31./ 7 7./ 4 14./ 4 2./ 1 5./ 1
ｺﾎｿﾅｶﾞｺﾞﾐﾑ 65.66 4 12./ 5 8./ 2 5./ 2 6./ 1 1./ 1
ｺｶﾞｼﾗﾅｶﾞｺﾞ 20.66 4 16./ 5 22./ 5 15./ 3 2./ 1 4./ 1
ﾒﾀﾞｶﾁﾋﾞｶﾜｺ 29.22 4 14./ 5 8./ 3 11./ 4 2./ 1 3./ 1
ｾｱｶﾋﾗﾀｺﾞﾐﾑ 26.99 5 18./ 6 16./ 4 12./ 3 2./ 1 15./ 2
ﾏﾙｶﾞﾀｺﾞﾐﾑｼ 24.37 3 18./ 7 19./ 5 23./ 5 2./ 1 1./ 1
ｲｸﾞﾁﾏﾙｶﾞﾀｺ 33.5 4 22./ 8 21./ 5 16./ 5 6./ 1 15./ 3
ｵｵｺﾞﾓｸﾑｼ 38.87 4 16./ 10 4./ 3 6./ 4 2./ 1 1./ 1
ｸﾛｺﾞﾓｸﾑｼ 24.29 1 37./ 8 11./ 3 7./ 3 2./ 1 7./ 2
ｱｶｱｼﾏﾙｶﾞﾀｺ 22.13 2 16./ 6 28./ 6 25./ 4 2./ 1 4./ 1
ﾋﾒｷﾍﾞﾘｱｵｺﾞ 21.34 4 23./ 6 11./ 4 11./ 3 2./ 1 7./ 2
ｺｶﾞｼﾗｱｵｺﾞﾐ 36.19 4 21./ 5 8./ 2 5./ 2 3./ 1 5./ 2
ｱｵｺﾞﾐﾑｼ 24.64 4 14./ 7 6./ 3 17./ 5 2./ 1 5./ 2
ｵｵｷﾍﾞﾘｱｵｺﾞ 25.11 4 16./ 7 14./ 4 10./ 5 2./ 1 4./ 1
ﾐｲﾃﾞﾗｺﾞﾐﾑｼ 32.28 4 18./ 9 6./ 4 8./ 5 2./ 1 2./ 2

　これが正常なアウトプットです。もしプログラムがどこか途中で終了してしまうようなら，それはどこかの初期入力が間違っているか，指令の間違いです。もう一度よく見直して下さい。
　これでそれぞれの種の「指標価」が算出できました。
　それぞれの数字の見方については別な機会に行います。