遺伝子の仕組みや研究を教えて

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2009/09　EurekAlert　MSU scientist helps map potato genome, hope to improve crop yield
ジャガイモ・ゲノム地図
2009/09　EurekAlert　Draft potato genome based on unique potato variety

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2009/09　EurekAlert　Genetic discovery could break wine industry bottleneck, accelerate grapevine breeding
ブドウのつる繁殖を速める遺伝学的な発見で、ワイン業界のボトルネックを壊せるかも

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細胞:線虫の成熟マイクロRNAの活性は活発な代謝回転により調節されている
2009/09　Nature　Active turnover modulates mature microRNA activity in Caenorhabditis elegans
doi:10.1038/nature08349

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DNAオリガミ技術で文字を作ってみました
2009/09　EurekAlert　Spelling B-Y-U with DNA
DNAによってB-Y Uをつづること

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細胞:KDM1Bは母方のゲノムインプリンティング確立に必要なヒストンH3K4デメチラーゼである
2009/09　Nature　KDM1B is a histone H3K4 demethylase required to establish maternal genomic imprints
doi:10.1038/nature08315

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遺伝:Arabidopsis属における爆発的レトロ転移の再現
2009/09　Nature　Bursts of retrotransposition reproduced in Arabidopsis
Sayuri Tsukahara et al.
doi:10.1038/nature08351

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遺伝:シロイヌナズナにおけるレトロ転移のエピジェネティックな選択的制御
2009/09　Nature　Selective epigenetic control of retrotransposition in Arabidopsis
Marie Mirouze et al.
doi:10.1038/nature08328

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遺伝:ヒストンH2A.ZはRNAiやヘテロクロマチン因子と協調してアンチセンスRNAを抑制する
2009/09　Nature　Histone H2A.Z cooperates with RNAi and heterochromatin factors to suppress antisense RNAs
doi:10.1038/nature08321

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2009/09　news@nature.com　Fungus genome boosts fight to save North American forests
カビ・ゲノムは、北米の森林を救う闘いを高める
　DNAシーケンスは、松甲虫の来襲を制御する努力を進めることができた
DNA sequence could advance efforts to control pine beetle infestations.

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2009/09　【日本語記事】Nature　収穫を台無しにする疫病菌のゲノム：ゲノム解読によって明らかになったジャガイモ疫病菌の適応性の基盤
遺伝:アイルランドのジャガイモ飢饉の原因となったジャガイモ疫病菌のゲノム塩基配列とその解析
2009/09　Nature　Genome sequence and analysis of the Irish potato famine pathogen Phytophthora infestans
doi:10.1038/nature08358

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2009/09　EurekAlert　When you've doubled your genes, what's 1 chromosome more or less?
あなたがあなたの遺伝子を二倍にしたとき、何が多かれ少なかれ1つの染色体を持つか？
　倍数性と遺伝学的変化は、「進化上の変化と植物のフィットネスと精力」にどのようにつながることができるか

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パーム椰子の遺伝子解析進行中
2009/09　EurekAlert　WCMC-Q researchers unlock genetic secrets of date palm
　ナツメヤシの遺伝学的な秘密の錠をあける

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2009/09　EurekAlert　RNA interference found in budding yeasts
発育期の酵母菌で発見されるRNA干渉

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性染色体はコミュニケーションをする
　ＸとＹは遺伝子交換をしているぞ
2009/09　EurekAlert　Sex talk revelations of the lonely Y chromosome

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2009/09　EurekAlert　Evolution coup: Study reveals how plants protect their genes
植物が遺伝子を保護する方法
　特殊なタンパク質Whirliesが遺伝子コピー数を制限する

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性決定:鳥類の性を決めるZ遺伝子
2009/09　Nature　Sex determination: Birds do it with a Z gene
doi:10.1038/461177a
発生:鳥類のZ染色体上遺伝子DMRT1はニワトリで雄の性決定に必要とされる
2009/09　Nature　The avian Z-linked gene DMRT1 is required for male sex determination in the chicken
doi:10.1038/nature08298

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2009/09　【日本語記事】Nature　細胞:テロメア以外にもかかわるTERT
　毎田佳子たちは、テロメラーゼの触媒サブユニットTERTが、ミトコンドリアRNAプロセシングエンドリボヌクレアーゼのRNA成分（RMRP）からdsRNAを生成できることを明らかにした。
細胞:TERTとRMRPRNAが構成するRNA依存性RNAポリメラーゼ
2009/09　Nature　An RNA-dependent RNA polymerase formed by TERT and the RMRP RNA
Yoshiko Maida et al.
doi:10.1038/nature08283

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2009/09　BBC News　Killer genes cause potato famine
potato blight mould　ジャガイモ疫病菌のゲノム解析
2009/09　news@nature.com　Potato blight's gene weaponry revealed
明かされるジャガイモ胴枯れ病の遺伝子武器類
ジャンピング・ジーンは、アイルランドの飢饉を引き起こしたタイプを打ち負かすカギを保持する可能性がある
Jumping genes may hold key to defeating mould that caused Irish famine.
2009/09　New Scientist　Potato blight has the genome of death
ジャガイモ胴枯れ病は、死のゲノムを持つ

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酸化DNAダメージは、突然変異プロセスの主要な原因である
2009/09　EurekAlert　Study of huge numbers of genetic mutations point to oxidative stress as underlying cause
　膨大な数の遺伝子突然変異を5000年ほど追ってみましたところ、酸化ストレスが暗因になっているようでして

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2009/09　朝日新聞　ＤＮＡ入り「ご神体」で１０億円所得隠し 金沢の宗教家

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培養しなくてもどんな細菌なのかわかります
2009/09　EurekAlert　New genomic model defines microbes by diet -- provides tool for tracking environmental change
新しい遺伝学的モデルは、飲食物によって微生物を定義する− 環境変化を追うツールになるか
2009/09　EurekAlert　Genomes reveal bacterial lifestyles: Research
ゲノムは、バクテリアのライフスタイルを明かす：研究

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クロマチンリモデリング酵素ALC1により、ポリ（ADP-リボース）依存的にDNA修復が制御される
　ALC1：Amplified in Liver Cancer 1（別称CHD1L）
2009/09　Science　Poly(ADP-ribose) Dependent Regulation of DNA Repair by the Chromatin Remodeling Enzyme ALC1

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2009/09　【日本語記事】Nature　構造化学:デザイナーDNA結晶

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昆虫遺伝学：カイコゲノム40種の配列決定から明らかになった養蚕の歴史
5000年以上続く中国での養蚕の歩みが中国科学者らによって発表された。
2009/08　Science　Sequencing 40 Silkworm Genomes Unravels History of Cultivation

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2009/08　EurekAlert　Open source DNA
オープンソースDNA
　テル・アビブ大学は、科学的研究におけるプライバシーと自由の保証で新しい解決案を発見する

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2009/08　EurekAlert　Counting duplicated genome segments now possible
複製されたゲノム部分がカウント可能になりました
　mrFAST, an acronym for micro-read Fast Alignment Search Tool.

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ストライガ・ササゲ豆の寄生・宿主相互関係における遺伝子対遺伝子抵抗性
　感染病原菌から植物を防御すると考えられていた遺伝子は寄生植物からも植物を防御する
ストライガは根寄生雑草で、トウモロコシやササゲなど食用作物の減産をアフリカで引き起こしている
2009/08　Science　Gene-for-Gene Resistance in Striga-Cowpea Associations

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2009/08　EurekAlert　We are all mutants
我々は、みなミュータントである
　直接解析によるヒト突然変異率の測定
　人間個人における遺伝子突然変異の一般的な率の最初の直接測定。
2009/09　BBC News　We are all mutants say scientists
我々全ては、DNAに少なくとも100の新しい突然変異を持つ
We all have at least 100 new mutations in our DNA, according to research published in the journal Current Biology.

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押し花から採取
2009/08　EurekAlert　Unique study isolates DNA from Linnaeus' botanical collections
リンネの植物コレクションからDNAを単離

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2009/08　Dienekes' Anthropology Blog　Human Y-chromosome mutation rate
　人間のＹ染色体突然変異率を示したかなり重要な論文
　Ｙ染色体全体で13世代離れた2個人間で生じる基礎置換は4つ
　現代のＹ染色体プールの優位を占めているどっしりした巨大なハプログループはより多くの独占的なファミリーの階層に分解されるだろう
2009/08　news@nature.com　Human mutation rate revealed
明かされる人間の突然変異率
　新世代の解析は、最も正確な日程の割り出しを可能にする
Next-generation sequencing provides the most accurate estimate to date.

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2009/08　時事通信　３遺伝子の変異が大きな役割＝犬の毛の長さや巻き具合−米研究所
2009/08　BBC News　Variety of dogs' coats explained
Silky, wiry, short or long: Just three genes account for the wide variety of dog's coats, say scientists.
2009/08　ABC@オーストラリア　Three genes key to most dog hair types
2009/08　【日本語記事】Science　犬の被毛が明らかにする遺伝子の秘密
　Dog Coats Shed Genetic Secrets
2009/08　読売新聞　たった３つの遺伝子で決まるのは？

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2009/08　【日本語記事】Nature　発生:個性的な脳を作り上げる
　ゲノム全域にわたって移動できるレトロトランスポゾンのLINE（長い散在性反復配列）-1
　成人の海馬などの脳領域における内在性LINE-1のコピー数は比較的多い。
　LINE-1のレトロ転位が、個体の体細胞モザイク現象や脳での遺伝子発現の不均一性にかかわっている可能性
発生生物学:転位する遺伝子のルーレット
2009/08　Nature　Developmental biology: Jumping-gene roulette
doi:10.1038/4601087a
発生:ヒト神経前駆細胞におけるL1のレトロ転位
2009/08　Nature　L1 retrotransposition in human neural progenitor cells
doi:10.1038/nature08248

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言語遺伝子における新しい候補者
2009/08　Anthropology.net 　KIAA0319 : A New Candidate Gene For Language
　Convergent genetic linkage and associations to language, speech and reading measures in families of probands with Specific Language Impairment.

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2009/08　EurekAlert　CSHL scientists develop new method to detect copy number variants using DNA sequencing technologies
変異コピー数の検出にDNA解析テクノロジーを使用する新手法

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2009/08　news@nature.com　A gene for feathered fellas
羽毛野郎用の遺伝子
DNAの二重の投与は、ひなを雄鶏にする
A double dose of DNA turns developing chicks into cockerels.

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遺伝子活動に影響を与えるホルモン
2009/08　PhysOrg　 Hormones found to affect gene activity
　ステロイド・ホルモンによる断続的な信号は、齧歯動物の遺伝子表現に影響を及ぼすことができる

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エボラや炭疽菌の伝染病治療にカギを保持する可能性がある単一のホスト遺伝子
2009/08　EurekAlert　Single host gene may hold key to treating both ebola and anthrax infections
　US Army Medical Research Institute of Infectious Diseases
　特定の遺伝子CD45のにおける小さいレベル削減は、2つの異なる微生物からの保護を提供することができる

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2009/08　EurekAlert　Living longer and happier
長く、幸せな生活
MU researchers find 'longevity' gene that enhances exercise performance
運動パフォーマンスを高める長寿の遺伝子
　mitochondria-targeted catalase gene, or MCAT.

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細胞:重複を介したゲノム再編成を防ぐ特異的経路
2009/08　Nature　Specific pathways prevent duplication-mediated genome rearrangements
doi:10.1038/nature08217

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遺伝:詳細に注釈付けされた韓国人の個人全ゲノム配列
2009/08　Nature　A highly annotated whole-genome sequence of a Korean individual
doi:10.1038/nature08211

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2009/08　朝日新聞　うまくて強いイネ開発　「まずい」遺伝子を特定、排除
　ＤＮＡマーカーを手がかりに交配を繰り返し、どこにどのような性質をつかさどる遺伝子があるかを突き止めた。

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2009/08　news@nature.com　The resistant rice of the future
未来の抵抗力がある稲
　雑種の作製で、{氾濫やカビに強い} 稲の品種を生み出すことができそうだ
Cross-breeding could create rice varieties that can survive flooding and fungi.

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2009/08　【日本語記事】Science　いもち病に抵抗性を示すイネ
Blast-Resistant Rice　遺伝子Pi21を同定　福岡修一ら
プロリンを含むタンパク質の機能低下は、イネに耐久性のある病害抵抗性をもたらす
* QTLsは、耐病性にとって、とりわけ耐久性のある戦略を示す可能性がある。
注） QTLs：quantitative trait loci (量的形質遺伝子座)
2009/08　Science　Loss of Function of a Proline-Containing Protein Confers Durable Disease Resistance in Rice
2009/08　朝日新聞　水没に耐えるイネ遺伝子「シュノーケル」　名大が発見

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2009/08　【日本語記事】Nature　植物:SNORKELで雨季に打ち勝つ
　服部洋子（名古屋大学）たちは、浮イネの節間伸長を引き起こす遺伝子SNORKEL 1とSNORKEL 2を同定した
2009/08　BBC News　Snorkel rice could feed millions
植物科学:背の高いイネの遺伝学
2009/08　Nature　Plant biology: Genetics of high-rise rice
doi:10.1038/460959a
植物:エチレン応答因子SNORKEL1およびSNORKEL2がイネを深水に適応させる
2009/08　Nature　The ethylene response factors SNORKEL1 and SNORKEL2 allow rice to adapt to deep water
Yoko Hattori et al.
doi:10.1038/nature08258

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2009/08　【日本語記事】Nature　細胞:遺伝的リスクを最小に
　出芽酵母（Saccharomyces cerevisiae）の第V染色体左腕の研究で、ゲノム再編成を防ぐ多数の遺伝子が突き止められた。
　単一コピー配列が介在するゲノム再編成と「危険性が高い」反復配列が介在する再編成とでは、抑制するための経路が別々に用意されている。

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12人の人々から巨大な量のDNAシーケンス・データを生成した先駆的な努力
　病気につながりうる比較的まれな遺伝学的な変異をアイデンティファイする新しい戦略の実行可能性と価値を証明した
2009/08　EurekAlert　NIH-funded researchers sequence exomes of 12 people
New method may help in efforts to pinpoint disease-causing genes
より速く・安くヒトゲノム中の病気遺伝子を見つける方法、最初のテストに合格
2009/08　EurekAlert　Faster, cheaper way to find disease genes in human genome passes initial test

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短期および長期の記憶は、同じ遺伝子を異なる回路において必要とする
2009/08　EurekAlert　CSHL study finds short- and long-term memories require same gene but in different circuits
　遺伝子rutabagaは、1つのグループのニューロンでショウジョウバエ脳とよりゆっくりした、長期にわたる信号で第２セットで迅速な、短命な信号を創始する

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進化的に保たれたメカニズムは、遺伝子の使用を決定する
2009/08　EurekAlert　Evolutionarily preserved mechanism governs use of genes
　遺伝子のタンパク質コーディング部分は、特別なヌクレオソームに包まれる。

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大腸癌のDNAメチル化を検出するより敏感な分析手法
2009/08　EurekAlert　Researchers develop new, more-sensitive assay for detecting DNA methylation in colon cancer

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最初の遺伝子-エンコードされた両生類毒素を単離
2009/08　EurekAlert　The first gene-encoded amphibian toxin isolated
60アミノ酸の神経毒素
　the first protein-based toxin in an amphibian - a 60 amino acid neurotoxin found in the skin of a Chinese tree frog. This finding may help shed more light into both the evolution of amphibians and the evolution of poison.
Tree frog Hyla annectans

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染色体の不適当な伝送に起因する障害のモデル
　「重要な構造のタンパク質」の喪失は、1つのDNAコピー（染色分体）の早すぎた分離につながることができる
2009/08　EurekAlert　UGA researchers propose model for disorders caused by improper transmission of chromosomes

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エピジェネティック（後成的）可変性の地図を作る初期のステップ
2009/08　EurekAlert　Scientists take early steps toward mapping epigenetic variability

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シリコンの上で『自己組織化する』DNA
2009/08　BBC News　DNA 'organises itself' on silicon
2009/08　EurekAlert　Caltech and IBM scientists use self-assembled DNA scaffolding to build tiny circuit boards
Nanotechnology advance could lead to smaller, faster, more energy-efficient computer chips
自己組織化DNA足場を使用した小さい回路基板の構築
　ナノテクノロジー進展で、より小さく、よりすばやく、エネルギー効率の良いコンピュータ・チップに

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新しく発見されたDNA触媒は、水分子とDNAを分裂させる
　研究室でのDNA操作に良いツール
「新しく発見されたデオキシリボザイム（触媒DNA）」で、一本鎖のDNAを分裂させられるかも
2009/08　EurekAlert　Newly found DNA catalysts cleave DNA with water molecule

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DNAダメージを監視してすばやく反応する迅速な反応チーム
　警報信号への直接の応答で能力があるタンパク質の全体のファミリー
　酵素PARP1がDNAダメージによって活性化され{警報をダメージの場所で立ち上げる} 分子信号PARを作り出す
2009/08　EurekAlert　Raising the alarm when DNA goes bad

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染色体チップを保護し予想外の役割をプレーするタンパク質
2009/08　EurekAlert　Protein plays unexpected role protecting chromosome tips
　『スイスアーミーナイフ』は、転移のガンに驚くべき機能と可能な関係を持つ
　Gcn5は、{細胞で行われる必要がある} ものに従い、異なる機能を実行する
　テロメアを保護するタンパク質TRF1にからむ

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アメンボの水面すべりを作るボディプラン遺伝子
　the Hox gene, Ultrabithorax は中足を長くさせ、後足を短くさせる
2009/08　EurekAlert　Canadian scientists identify gene that makes water striders glide across water

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ゲノム工学:多重ゲノム工学的手法および加速進化による細胞のプログラミング
2009/08　Nature　Programming cells by multiplex genome engineering and accelerated evolution
multiplex automated genome engineering (MAGE)
大規模なプログラミングや細胞進化を記述するマルチプレックス自動化ゲノム・エンジニアリング

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2009/08　news@nature.com　Child DNA donors should have their say
児童DNAドナーは、一考すべき
　生命倫理学者は、遺伝学的な宝庫にはより厳密なルールが必要ではないかと論ずる。
Bioethicists argue for stricter rules at genetic repositories.

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2009/08　【日本語記事】Nature　細胞:テロメアを守る
　テロメア維持の過程で主に働くのは、MRE11、RAD50、およびNBS1という3つのタンパク質からなるMRN複合体
　MRE11がテロメアで2つの機能を果たしている
細胞:キャップのないテロメアにおけるMRE11の複数の役割
2009/08　Nature　Multiple roles for MRE11 at uncapped telomeres
doi:10.1038/nature08196

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植物のゲノム重複と種分化
2009/08　EurekAlert　Genome duplication responsible for more plant species than previously thought
　たいがいの余分のゲノムは植物に何の利益や不利益も提供しないが、カギ役割を新しい種の起源で依然としてプレーするように見える

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ジャガイモ疫病の重要な病原体悪性遺伝子を特定
　ジャガイモ飢饉を引き起こさない品種の開発へ
2009/08　PhysOrg　Potato blight plight looks promising for food security

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薄められ汚染されたDNAを抽出する新しい方法
2009/08　EurekAlert　UBC scientists find new way to extract diluted and contaminated DNA

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小さなチームで低コストで教授の全ゲノム塩基配列を解明
　50,000ドル未満と３人で解析
2009/08　EurekAlert　Stanford professor sequences his entire genome at low cost, with small team

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多数の遺伝子は、{ガンなどの病気につながる可能性がある} 一種の遺伝学的な転位を防ぐことができる。
2009/08　EurekAlert　Researchers uncover potential mechanisms to protect against genetic alterations, diseases

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羊の繁殖を加速する方法
2009/08　EurekAlert　Mary had a lot of lambs: Researchers identify way to accelerate sheep breeding
　雌羊に若いうちから季節を問わず頻繁に妊娠させる遺伝子変異

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トウモロコシNAMの遺伝的性質
注）NAM：nested association mapping population （マーカーの遺伝子型と形質という表現型との連関を検定［association mapping］した集団）
　トウモロコシの外交配の強勢は、動原体周辺領域における保持された可変性による可能性が非常に高い
2009/08　Science　Genetic Properties of the Maize Nested Association Mapping Population
2009/08　EurekAlert　Scientists devise efficient way of learning about complex corn traits
トウモロコシの開花時期における遺伝子の構築
　（5000セットの組換え近交系の）約100万本のトウモロコシを分析した結果、開花時期は強く影響する単一の遺伝子座で制御されていないことが明らかになった（弱く影響する量的形質遺伝子座 [quantitative trait loci: QTLs]が系統間で多数共有されていた）。
2009/08　Science　 The Genetic Architecture of Maize Flowering Time

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DNA、ヨガをする
2009/08　【日本語記事】Science　DNA Does Yoga
　DNAを曲げてひねっていろいろな新しい形にする方法を開発
　ナノスケールで連続した曲線をつくる方法
DNAを折り畳んで、ねじれや曲がりのあるナノスケール形状を作り出す
　結晶様のDNA配列の中で、部位特異的に塩基対の挿入や欠失を誘導すると、ねじれや曲がりが作り出される（ナノスケールで複雑な形態を設計することが可能になった）。
2009/08　Science　Folding DNA into Twisted and Curved Nanoscale Shapes
DNAからナノ折り紙
　ナノエンジニアリングのための新しいツールボックスを開発
2009/08　EurekAlert　Nanoscale origami from DNA
Researchers develop a new toolbox for nano-engineering
2009/08　EurekAlert　Silenced genes as a warning sign of blood cancer
白血病を起こすDNAメチル化パターン

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2009/08　【日本語記事】霊長類ゲノムデータベース公開
『京大グローバルCOE 霊長類ゲノムDB』京都大学霊長類研究所
　研究者向けメイン：一般向け情報は準備中

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白血病患者のゲノム解読
2009/08　EurekAlert　Decoding leukemia patient genome leads scientists to mutations in other patients
2009/08　BBC News　Cancer gene complexity revealed

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2009/08　EurekAlert　Understanding how weeds are resistant to herbicides
雑草の水あさ(water hemp)をすばやく遺伝子解析できました

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構造生物学:HIVゲノムを俯瞰する
2009/08　Nature　Structural biology: Aerial view of the HIV genome
doi:10.1038/460696a
構造生物学:HIV-1ゲノムRNAの全体構造と二次構造
2009/08　Nature　Architecture and secondary structure of an entire HIV-1 RNA genome
doi:10.1038/nature08237
2009/08　EurekAlert　UNC researchers decode structure of an entire HIV genome
2009/08　【日本語記事】Nature　HIV-1の内部事情：全RNAゲノムの構造
2009/08　BBC News　Structure of HIV genome 'decoded'
2009/08　エイズウイルスゲノムの全体的な構造が明らかに、米大研究　 AFPBB News

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2009/08　EurekAlert　Genomic signature in blood identifies underlying viral infection
血液における遺伝学的サインは、ウィルスの伝染病の基礎をなすことを特定する

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2009/08　【日本語記事】Nature　細胞:筋肉細胞の運命と可塑性
　マウス胚ではmiR-145とmiR-143は、転写因子ネットワークを標的として、平滑筋細胞の分化を促進し、その増殖を抑制している。
　miRNAが特定の細胞系列への分化を指示するスイッチとして機能しうる
細胞:miR-145およびmiR-143は平滑筋細胞の運命と可塑性を調節する
2009/08　Nature　miR-145 and miR-143 regulate smooth muscle cell fate and plasticity
doi:10.1038/nature08195

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情報キャリアとして中核にDNAを持つコンピュータは、古典的な論理謎を解決することができます。
論理質問を解決するDNAコンピュータ
2009/08　BBC News　DNA computer solves logic queries

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ウシの枝肉重量を決定する４つの遺伝子　LOC523874, C6H4orf30, NCAPG, and LOC540095.
2009/08　EurekAlert　Big cattle -- the genes that determine carcass weight

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2009/08　EurekAlert　New microchip technology performs 1,000 chemical reactions at once
一度に1,000の化学反応を行う新しいマイクロチップ技術

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2009/08　EurekAlert　DNA computation gets logical at the Weizmann Institute of Science
よりユーザフレンドリーなDNAコンピューティング

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2009/08　【日本語記事】Nature　細胞:X染色体不活性化
　インプリンティングによるX染色体不活性化（XCI）の際の父系X染色体のサイレンシングは、父系RNA遺伝子Xistがなくても始まる。しかし、Xistがない状態がずっと続くと最終的にX染色体が再び活性化することから、Xistの役割は、サイレンシングを長期にわたって安定化することではないかと考えられる。
細胞:マウスのゲノムインプリンティングによるX染色体不活性化はXist RNAに関係なく開始されることの証拠
2009/08　Nature　Evidence of Xist RNA-independent initiation of mouse imprinted X-chromosome inactivation
doi:10.1038/nature08161

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2009/07　EurekAlert　Parasites ready to jump
飛び越える準備ができている寄生生物 ―
　{トランスポゾン活動を抑制する} 分子のメカニズムは進化した。
　それは、細胞の中で高いコピー数を示すDNAシーケンスに対して新型の細胞の防御としてふるまうRNAの小さい分子

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Single Molecule Real-Time (SMRT) sequencing
2009/07　EurekAlert　The 15-Minute Genome 2009 Industrial Physics Forum features faster, cheaper genome sequencing
よりすばやいより安い15分のゲノム解析
　装置は、現在市場に出ている第二世代のシーケンサよりすばやい速度20,000の時間でのシーケンスDNAに開発されていてとゲノムにつき最終的に100ドルの値札を持つだろう。

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今も縮みつつある
2009/07　EurekAlert　After dinosaurs, mammals rise but their genomes get smaller
恐竜絶滅後、哺乳類だけがゲノムサイズを減らしていた

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人間の発達は、親と子の遺伝子の相互作用による進行中のセットである
2009/07　EurekAlert　Maternal, paternal genes' tug-of-war may last well into childhood
母方・父方の遺伝子の綱引きは、小児期〜思春期にまで持ち越される

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2009/07　EurekAlert　Getting to the bottom of rice
稲の真相を究明すること
研究者の国際研究チームは、遺伝的に多様な稲の20の異なるタイプのゲノムを精細に調べた
それは、国際繁殖で使用される
広範囲にわたる異なる特徴によって。
2009/07　EurekAlert　Global team develops tools to unravel diversity of rice
国際チームは、稲の多様性を解明するツールを開発する

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発生:ヒト精子に特有のクロマチンは胚発生に関連する遺伝子をパッケージングする
2009/07　Nature　Distinctive chromatin in human sperm packages genes for embryo development
doi:10.1038/nature08162

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2009/07　【日本語記事】Nature　遺伝:miRNAとmRNAの相互作用
　脳mRNA転写産物のmiRNA結合部位の正確なマップ解読
遺伝:Argonaute HITS-CLIPによって解読されたマイクロRNA-mRNA相互作用マップ
2009/07　Nature　Argonaute HITS-CLIP decodes microRNA--mRNA interaction maps
doi:10.1038/nature08170

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短足犬はただ1つの遺伝子変異が原因？
　2009/07　【日本語記事】National Geographic　
2009/07　National Geographic　The Wiener Gene: Stumpy Dogs Share Single Ancestor
ウィーナー遺伝子：ずんぐりした犬は、単一の先祖を共有する

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2009/07　【日本語記事】東亜日報＠韓国　［オピニオン］Ｙ染色体の終焉
　Ｘ染色体との遺伝子の数が同じだったＹ染色体の遺伝子は現在、８０個に過ぎない。
　一方、Ｘ染色体の遺伝子は１１００個に上る。

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2009/07　京都大学霊長類研究所
Genomic linkage map of the human blood fluke Schistosoma mansoni
Charles D Criscione, Claudia LL Valentim, Hirohisa Hirai , Philip T LoVerde and Timothy JC Anderson
ヒト寄生性マンソン住血吸虫のゲノム連鎖地図
2009/07　京都大学霊長類研究所　ヒト寄生性マンソン住血吸虫のゲノム解読

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2009/07 news@nature.com　 DNA barcodes for plants a step closer
植物におけるDNAバーコード化
Biologists agree on genetic sequences to uniquely identify plant species.
生物学者は、植物種をユニークに特定する遺伝学的なシーケンスについて同意する
2009/07　BBC News　'Barcode' to help identify plants
植物の特定を助けるDNAバーコード化
2009/07　EurekAlert　University of Toronto helps to 'barcode' the world's plants
トロント大学は、世界の植物を『バーコード化する』のを助ける

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2009/07　PhysOrg　Mapping the crocodile genome
ワニ・ゲノムの地図を作る

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2009/07　EurekAlert　Scientists locate disease switches
病気スイッチの在処
　1,750の異なるタンパク質に3,600のアセチル化スイッチ

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2009/07　EurekAlert　Nature or nurture? New epigenetic model blurs the line in the debate
生まれか育ちか？新しいエピジェネティックモデルは、そんな２分法を吹き飛ばす
　 {エピジェテネィクスが集団内で病気プレーする} 役割の理解土台

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2009/07　EurekAlert　DNA of ancient lost barley could help modern crops cope with water stress
失われた古代大麦のDNAは、現代の作物が水ストレスに対処するのを助けることができた

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Rad51
2009/07　EurekAlert　New information about DNA repair mechanism could lead to better cancer drugs
DNA修復作業メカニズムに関する新しい情報は、ガン薬物により十分につながることができた

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2009/07　EurekAlert　Surprising new insights into the repair strategies of DNA
DNAの修復作業戦略に対する驚くべき新しい洞察
　突然変異酵素を持つ古細菌 Haloferax volcaniiは、DNAダメージの修復がおじょうず

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遺伝:日本住血吸虫ゲノムから明らかになった宿主と寄生虫の相互作用の特徴
2009/07　Nature　The Schistosoma japonicum genome reveals features of host--parasite interplay
doi:10.1038/nature08140
2009/07　BBC News　Killer parasites' genes decoded
致死的寄生体の遺伝子解読
intestinal schistosomiasis 　住血吸虫症
2009/07　EurekAlert　Scientists decode genome of deadly parasitic worm
科学者は、致命的な寄生の線虫のゲノムを解読する
遺伝:マンソン住血吸虫のゲノム配列
2009/07　Nature　The genome of the blood fluke Schistosoma mansoni
doi:10.1038/nature08160
2009/07　【日本語記事】Nature　住血吸虫のゲノミクス：「放置されてきた」病原体であるマンソン住血吸虫と日本住血吸虫の全ゲノム解読
　マンソン住血吸虫（Schistosoma mansoni）と日本住血吸虫（Schistosoma japonicum）
2009/07　EurekAlert　UCSF researchers help crack parasite genome, identify drug leads

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2009/07　【日本語記事】「個の医療」
今年中にヒトゲノムの全解読コストが1万ドルを切ることは確実

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従前の遺伝子検査やDNA調査じゃやばくないか？
　血液と組織細胞とでは、遺伝子の状態が違ってるじゃないか
　体の各組織でそも違っているし
2009/07　EurekAlert　Study reveals major genetic differences between blood and tissue cells
　血液と組織細胞は、遺伝学的にマッチしない

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2009/07　朝日新聞　短足は遺伝子のせい　１９犬種に共通、米チーム発見
2009/07　ABC@オーストラリア　Single gene causes stubby legs in dogs
短くて太い足　犬における単一の遺伝子原因

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細胞:コヒーシンは発生段階に応じて調節されているIFNG遺伝子座で染色体のcis相互作用を生じさせる
2009/07　Nature　Cohesins form chromosomal cis-interactions at the developmentally regulated IFNG locus
doi:10.1038/nature08079

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2009/07　EurekAlert　Sea lamprey jettison one-fifth of their genome
ヤツメウナギはゲノムをばっさり5分の1捨てて育ちます
　― 受精後まもなくヤツメウナギ卵がいくつかの細胞に割れたあと、成長する胎児はそのDNAの何百万ものユニットを捨てる。

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2009/07　EurekAlert　New map of genomic variations will enable disease research
遺伝学的バリエーションの新しい地図は、病気研究を可能にする
　健康な人々におけるベンチマーキング・コピー数バリエーション
　診断や遺伝子障害の研究を援助するだろう

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2009/07　EurekAlert　Nature? Nurture? University of Iowa scientists say neither
遺伝と環境の要素は、絶えず影響し合う

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2009/07　PhysOrg　DNA-damaged cells communicate with neighbors to let them know they're in trouble
DNAにダメージを受けた細胞は、彼らが問題を抱えているということを隣人に知らせ合う

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2009/07　EurekAlert　Exploring standards to advance microbial genomics
より高度な微生物遺伝学のスタンダードを求めよ

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2009/07　EurekAlert　Telomeres resemble DNA fragile sites
テロメアは、DNAのもろい箇所に似ている

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細胞:過剰な中心体と染色体不安定性とを結びつける機構
2009/07　Nature　A mechanism linking extra centrosomes to chromosomal instability
doi:10.1038/nature08136

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2009/07　【日本語記事】東亜日報＠韓国　ソウル大学、３０代韓国人男性のゲノム地図を完成

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2009/07　EurekAlert　Rampant helper syndrome
Methanogenic archaeansのメタン作り出し分子は、DNAを修理できる

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17種類の異なるアリ、カビと葉を腐食するバクテリアのゲノムから、バイオエネルギーを作り出す
2009/07　Discovery　Community Genome Could Produce Biofuels
コミュニティ・ゲノムは、生物燃料を作り出すことができた

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2009/07　毎日新聞　ＤＮＡ：解読高速化に成功‐‐阪大グループ

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2009/06　読売新聞　インターフェロン作らせる役割も、遺伝子の中に発見
　身体の正常な形成に不可欠なＥＹＡという遺伝子
　京都大医学研究科の長田重一教授ら
2009/07　読売新聞　ＥＹＡ遺伝子、ウイルスを攻撃するたんぱく質を生成
　インターフェロンを作らせる役割…京大発見

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2009/06　読売新聞　クロマグロのゲノム、年内にも解読…養殖を後押し

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2009/06　PhysOrg　Gene map aims to combat blood flukes
遺伝子地図　住血吸虫に狙いをつける

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ラビリンツラ　Labyrinthulomycetes
2009/06　PhysOrg　Little-known marine decomposers attract the attention of genome sequencers
ほとんど知られていない海の分解者をゲノム解析せよ

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2009/07　読売新聞　クロマグロのゲノム、年内にも解読…養殖を後押し

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何百ものDNAマーカーとともにメロン・ゲノム地図は作られた
2009/06　EurekAlert　Melon research sweetened with DNA sequence
DNAシーケンスによって甘くされるメロン研究

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2009/06　EurekAlert　Study of flower color shows evolution in action
花の色みは現在進化中
　花の色を左右する遺伝子

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ジャガイモの遺伝子検査
2009/06　EurekAlert　Study finds DNA barcoding requires caution without closer examination
DNAバーコードは、より精密な試験なしではヤバイと思います
　DNAの断片だけでは、近縁種や交雑種の識別は厳密には無理でしょう

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科学技術動向月報 2009年 6月号
　生体の遺伝子発現制御機構であるエピジェネティクス研究の最近の動向　伊藤裕子
　　エピジェネティクスに関する研究は活発化している
　　日本におけるエピジェネティクス研究コミュニティの組織化
　　エピジェネティクス疾患研究
　　エピジェネティクス創薬
　　エピジェネティクスを標的とした医薬品として、がんに対する治療薬の開発が進められている。特に、DNAメチル基転移酵素（DNMT）の阻害薬やヒ ストン脱アセチル化酵素（HDAC）の阻害薬において成果が示されている
　　米国および欧州のエピジェネティクス研究の推進状況

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珪藻類の細胞内に共生した色素体のゲノムの足跡
　代表的な初期植物のゲノムには、緑藻類と紅藻類由来のかなり多数の外来遺伝子が含まれている。
2009/06　Science　Genomic Footprints of a Cryptic Plastid Endosymbiosis in Diatoms

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転写因子によるDNA認識の多様性と複雑さ
　転写因子の広範な調査（マウス由来のDNA結合タンパク質104種）から、関連するタンパク質は複数の異なるDNA結合特異性を持つことが明らかになった。
2009/06　Science　Diversity and Complexity in DNA Recognition by Transcription Factors

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2009/06　【日本語記事】Science　細胞のゴミ廃棄を管理するマスタースイッチ
A Master Switch for the Cell’s Garbage Disposal
　ほとんどのリソソーム遺伝子が転写因子TFEBによってコントロールされ協調的に発現されている

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2009/06　EurekAlert　New piece found in the puzzle of epigenetics
エピジェテネィクスのパズルで新しい断片を発見
　研究者は、RNA合成の緻密な調節メカニズムを解明する
　TFIIH酵素は、ＲＮＡポリメラーゼ２の選択的リン酸化に責任がある。

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2009/06　EurekAlert　Gene evolution process discovered
遺伝子進化プロセスへ
　タンパク質RESTは特定の遺伝子でオン／オフ切り替えをプレーすることによって特定の特性が子孫で発現するかどうかを決定する。

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2009/06　【日本語記事】Science　酵素の力を借りずに複製するDNA類似体
DNA-Like Molecule Replicates Without Enzyme Help
　原始DNAがどのように複製されていたのかを示唆する研究
　複雑な酵素の力を借りることなく、自らの塩基配列を相補鎖とペアを組めるよう適応させることができるDNA類似体を組み立てる
2009/06　news@nature.com　Tantalizing clues to the chemical origins of life
A synthetic molecule can reshuffle itself to match a DNA template.
2009/06　EurekAlert　Scripps research team creates simple chemical system that mimics DNA
{ DNAを模倣する} シンプルな化学システム

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2009/06　EurekAlert　Jumping genes discovery 'challenges current assumptions'
ジャンピング・ジーンがジャンプするとき
　おおかたは精子や卵細胞の発達のときではなく、胎児の発達の間にジャンプする

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2009/06　PhysOrg　Patenting human genes thwarts research, scientists say
人間の遺伝子の特許権は、研究を妨害する

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種子形成下における反復配列の広範な脱メチル化が遺伝子刷り込みの基礎をなす
　シロイヌナズナ（Arabidopsis）の内（胚）乳ゲノムでは広範囲に遺伝子刷り込みが認められる。
2009/06　Science　Extensive Demethylation of Repetitive Elements During Seed Development Underlies Gene Imprinting

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シロイヌナズナ（Arabidopsis）内（胚）乳のゲノム全体にわたる脱メチル化
　広範囲に遺伝子刷り込みが認められる
2009/06　Science　Genome-Wide Demethylation of Arabidopsis Endosperm

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生化学:アルキル化DNA損傷のフリッピングが塩基とヌクレオチド除去修復を橋渡しする
2009/06　Nature　Flipping of alkylated DNA damage bridges base and nucleotide excision repair
doi:10.1038/nature08076

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脱け毛・薄毛の原因遺伝子を特定　国立遺伝学研究所など
　2009/06　朝日新聞　

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2009/06　EurekAlert　Enzyme necessary for DNA synthesis can also erase DNA
DNA合成に必要な酵素は、DNAを消すことができる

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2009/06　EurekAlert　Different genes cause loss of body parts in similar fish
異なる遺伝子は、類似した魚で身体部分の減退を引き起こす
　科学者は、{棘魚の2つの種が骨盤と防護服を失った} 方法を比較する

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2009/06　【日本語記事】Nature　遺伝:カンジダ属真菌のゲノム比較解析
カンジダ属真菌の6種のゲノム塩基配列
遺伝:カンジダ属真菌8種のゲノムにおける病原性および有性生殖の進化
2009/06　Nature　Evolution of pathogenicity and sexual reproduction in eight Candida genomes
doi:10.1038/nature08064

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細胞:DNA損傷後には、Fボックスタンパク質FBXO31がサイクリンD1を分解させてG1期停止を引き起こす
2009/06　Nature　F-box protein FBXO31 mediates cyclin D1 degradation to induce G1 arrest after DNA damage
doi:10.1038/nature08011

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生体内におけるマウスHox遺伝子のエピジェネティックな時間的制御
　注）エピジェネティック：DNAメチル化修飾など、DNAの塩基配列の変化を伴わず、遺伝子の発現を活性化したり不活性化したりする後付けの修飾のこと。
　クロマチン修飾の経時推移に対応して、胚の構造確立に関わるHox遺伝子クラスター内の遺伝子は逐次活性化する。
2009/06　Science　Epigenetic Temporal Control of Mouse Hox Genes in Vivo

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「E.O.ウィルソン曰く『ジム・二重らせん・ワトソンは生物学界のカリギュラだ』」
　 The Genome: An Outsider's View
　リアル化石を見ずにDNAだけを頼りにして分子生物学が描くオカシナ系統図。
　小麦粉ばかり調べて、実際のパンの種類を見ない、みたいな？
　〜カール・ジンマー

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2009/05　BBC News　Mouse genome completed
マウス・ゲノム解析完了　Mouse genome laid bare to science

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2009/05　EurekAlert　Saved by junk DNA
ジャンクDNAによって救われる
　ジャンクDNAの不安定な断片は、遺伝子活動の調整を助け、すばやく生物を環境変化に適応させる。

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2009/05　PhysOrg　Japan mouse study finds hair-loss gene: researcher
日本マウス研究は、毛-減退遺伝子を発見する：研究者
2009/05　Discovery　Hair Loss Gene Found in Mice
マウスで発見される毛減退遺伝子

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遺伝:放射線誘発性ヒト遺伝子発現変化の遺伝学的解析
2009/05　Nature　Genetic analysis of radiation-induced changes in human gene expression
doi:10.1038/nature07940

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計数をおこなう人工遺伝子ネットワーク
　大腸菌（E. coli）において構築された。最大3回までの（細胞外からの刺激によって誘導される）生体応答（すなわち入力シグナル）を計数できる相補的な2つのカウンターモジュール
2009/05　Science　Synthetic Gene Networks That Count

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並列的なDNA捕獲と塩基配列決定によるヒトゲノム全体のRNA編集部位の同定
注）RNA編集：転写後修飾によりmRNAに塩基の挿入、欠失、置換などが起こる現象
　ヒトゲノムで数百の新規のRNA編集部位が同定された。
2009/05　Science　Genome-Wide Identification of Human RNA Editing Sites by Parallel DNA Capturing and Sequencing

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プロモーター上の不安定な縦列反復配列が、転写関連の進化可能性を与える
　酵母の遺伝子プロモーター上の不安定なDNA繰り返し配列が、クロマチン構造に作用し遺伝子発現の多様性をもたらす。
2009/05　Science　Unstable Tandem Repeats in Promoters Confer Transcriptional Evolvability

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細胞:CtIP-BRCA1は細胞周期を通してDNA二本鎖切断修復経路の選択を制御する
2009/05　Nature　CtIP-BRCA1 modulates the choice of DNA double-strand-break repair pathway throughout the cell cycle
doi:10.1038/nature07955

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脱毛・薄毛の遺伝子発見、キューティクルに異常…国立遺伝学研
　2009/05　読売新聞　
抜け毛：原因遺伝子を発見　マウス実験、治療薬に期待‐‐遺伝研と慶大
　2009/05　毎日新聞　

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生理:Bmi1はミトコンドリア機能とDNA損傷応答経路を制御する
2009/05　Nature　Bmi1 regulates mitochondrial function and the DNA damage response pathway
doi:10.1038/nature08040

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2009/05　BBC News　Mouse genome laid bare to science
10年かかってやっとマウス・ゲノム解析やっつけた。

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2009/05　EurekAlert　Research team finds important role for junk DNA
ジャンクDNAの重要な役割 　アクロバチックな働きを展開するトランスポゾン

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2009/05　EurekAlert　ISU researcher identifies genetic pathway responsible for much of plant growth
植物成長の多くに責任がある遺伝学的な経路を特定

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2009/05　【日本語記事】Nature　植物:多年生植物の開花の調節
　アラビス・アルピナ（Arabis alpina）
　多年生植物がもつ3つの重要な形質を調節するPEP1（perpetual flowering 1）遺伝子の同定
植物:多年生植物Arabis alpinaの開花を調節するPEP1
2009/05　Nature　PEP1 regulates perennial flowering in Arabis alpina
doi:10.1038/nature07988

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shRNA（short hairpin RNA）
2009/05　EurekAlert　UCSF creates fast, affordable tool for finding gene 'on-off' switches
遺伝子『オン／オフ』スイッチを発見する手頃なツール
　人間の遺伝子600におけるこれらの「オン／オフ」スイッチのうちの22,000のライブラリを生み出す

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エピジェネティクスで（獲得）形質が遺伝する事例はさまざまな生物種で観察されるわけで
2009/05　EurekAlert　100 reasons to change the way we think about genetics
我々が遺伝学についての考えを変えるべき100の理由

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ニワトリではヘンゼン結節における細胞の移動により左右非対称な遺伝子発現が構築される
2009/05　Science　Cell Movements at Hensen’s Node Establish Left/Right Asymmetric Gene Expression in the Chick
* ニワトリの初期胚における非対称的な遺伝子発現パターンは、細胞の再配置によって受動的に形成される。

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MLLの融合パートナーであるTET1によって、哺乳類DNA上の5-メチルシトシンが5-ヒドロキシメチルシトシンに変換される
注1) MLL：myeloid lymphoid leukemia
注2) TET：トリパノソーマタンパク質JBP1、JBP2の哺乳類ホモログ
2009/05　Science　 Conversion of 5-Methylcytosine to 5-Hydroxymethylcytosine in Mammalian DNA by MLL Partner TET1
* ゲノムDNAの重要なエピジェネティックマーカーである5-メチルシトシンという塩基は、酵素TET1により5-ヒドロキシメチルシトシンに変換される。

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真核生物ゲノムにおける転移酵素（transposase）の機能的な役割 ― 繊毛虫（Oxytricha trifallax）のゲノム再編成での重要な働き
2009/05　Science　 A Functional Role for Transposases in a Large Eukaryotic Genome

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mammalian Igf2 CpG island, goldfish Igf2 CpG island has a parental differentially methylated region (DMR)
2009/05　EurekAlert　The evolutionary foundation of genomic imprinting in lower vertebrates
脊椎下部に見る進化上の遺伝学的土台

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2009/05　EurekAlert　New tool isolates RNA within specific cells
特定の細胞内のRNAを単離するツール

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基本的遺伝子は、新しい機能を獲得する可能性
2009/05　PhysOrg　Dogs, maybe not, but old genes can learn new tricks
古い遺伝子が、新しいトリックを学習することができる

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生物組織のように柔らかくてタフ：DNAに包まれたカーボンナノチューブ
2009/05　EurekAlert　Progress toward artificial tissue?
人工組織の進展？

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2009/05　EurekAlert　A genome may reduce your carbon footprint
ゲノムは、二酸化炭素を減らす可能性がある
　Acquiring cheap genome sequence data can improve the quality of feedstocks used to create biofuels
　安価なゲノム解析データを得ることによって、生物燃料を生み出すために使用される食品の品質を改善することができる

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2009/05　【日本語記事】Nature　遺伝:海で見つかった低分子RNA
　最近開発されたメタトランスクリプトミクスという手法
　培養されているのではない微生物集団のトランスクリプトームをまとめて解析することが可能
遺伝:メタトランスクリプトミクス解析によって明らかになった、海洋水柱中の独自の微生物低分子RNA
2009/05　Nature　Metatranscriptomics reveals unique microbial small RNAs in the ocean’s water column
doi:10.1038/nature08055
2009/05　EurekAlert　MIT reels in RNA surprise with microbial ocean catch

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2009/05　【日本語記事】Nature　損傷の制御：アカパンカビのDNA修復にかかわる低分子RNA群
　Neurospora
　　Argonauteタンパク質QDE-2と結合することからqiRNAと名付けられた新種の低分子RNA
細胞:qiRNAはDNA損傷によって誘導される新種の低分子干渉RNAである
2009/05　Nature　qiRNA is a new type of small interfering RNA induced by DNA damage
doi:10.1038/nature08041

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工学:DNAで作られ制御可能なふたをもつナノスケールの箱の自己集合
2009/05　Nature　Self-assembly of a nanoscale DNA box with a controllable lid
doi:10.1038/nature07971

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細胞:マップ上の遺伝子エンハンサー
　2009/05　【日本語記事】Nature　
　プロモーターやエンハンサーなどの調節DNAエレメントが、細胞型に特異的な遺伝子発現の決定に果たす役割の解明はあまり進んでいない。
　複数のヒト細胞系列でプロモーターとエンハンサーのヒストン修飾に関するマップを作製
細胞:ヒトエンハンサーにおけるヒストン修飾は広範で細胞型特異的な遺伝子発現を反映する
2009/05　Nature　Histone modifications at human enhancers reflect global cell-type-specific gene expression
doi:10.1038/nature07829

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タンパク質合成での翻訳:最初から最後まで手を貸す　eIF5A
2009/05　Nature　Translation: Till termination us do part
doi:10.1038/459044a

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2009/05　EurekAlert　CSHL scientists discover specific small RNA pathways protect germ line from transposons
細菌株をトランスポゾンから保護する特定の小さいRNA経路
　細菌系統と体細胞は、トランスポゾン防御で異なるpiRNA経路を使用する

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2009/05　EurekAlert　Researchers find snippet of RNA that helps make individuals remarkably alike
　microRNAのmiR-7は一様性制御を助ける分子ネットワークの健全さに重要である

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2009/05　EurekAlert　Gene may 'bypass' disease-linked mitochondrial defects, fly study suggests
遺伝子は、パーキンソン病のようなミトコンドリア障害を『迂回する可能性がある』 ― ショウジョウバエでの知見から

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2009/05　EurekAlert　Stowers researchers develop whole genome sequencing approach for mutation discovery
ショウジョウバエ突然変異マップの「全体ゲノム解析アプローチ」

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2009/05　EurekAlert　Genetic secrets of date palm unlocked by researchers at Weill Cornell Medical College in Qatar
ナツメヤシの遺伝学的な秘密

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