［単行本］
１．地獄の奇術師　（講談社文庫）
２．吸血の家　（講談社文庫）
３．聖アウスラ修道院の惨劇　（講談社文庫）
４．悪霊の館　（講談社文庫）
５．ユリ迷宮　（講談社文庫）
６．軽井沢マジック　（徳間文庫）
７．人狼城の恐怖　第１部ドイツ編　（講談社文庫）
８．私が捜した少年　（講談社文庫）
９．奇跡島の不思議　（角川文庫）
10．バラ迷宮　（講談社文庫）
11．人狼城の恐怖　第２部フランス編　（講談社文庫）
12．人狼城の恐怖　第３部探偵編　（講談社文庫）
13．人狼城の恐怖　第４部完結編　（講談社文庫）
14．名探偵　水乃サトルの大冒険　（講談社文庫）
15．名探偵の肖像　（講談社文庫）
16．クロへの長い道　（講談社文庫）
17．諏訪湖マジック　（徳間文庫）
18．二階堂黎人集　（リブリオ出版　ほっとミステリーワールド）
19．悪魔のラビリンス　（講談社文庫）
20．宇宙捜査艦《ギガンテス》　（徳間デュアル文庫）
21．宇宙神の不思議　（角川文庫）
22．増加博士と目減卿　（講談社文庫）
23．猪苗代マジック　（文春文庫）
24．ドアの向こう側　（講談社文庫）
25．魔術王事件　（講談社文庫）
26．稀覯人〔コレクター〕の不思議　（光文社カッパ・ノベルス）
27．怪盗ルパン　カーの復讐　（講談社ミステリーランド）
28．宇宙捜査艦《ギガンテス》　聖域の殺戮　（講談社ノベルス）
29．小説版『鉄腕アトム 火星のガロン』　（講談社）
30．双面獣事件　（講談社ノベルス）
31．（予定：？　（？）？）
32．（予定：智天使の不思議　（？）？）
31．（予定：仮面王の不思議　（？）？）


［web小説］
１．宇宙捜査艦《ギガンテス》　（e-novels）
２．宇宙捜査艦《ギガンテス》（PDA用PDFファイル版）　（e-novels）
３．奇跡島の不思議　（電子文庫パプリ）
４．雷鳴の轟く塔の秘密　（e-novels）
５．雷鳴の轟く塔の秘密（PDA用PDFファイル版）　（e-novels）
６．アンドロイド殺し　（e-novels）
７．アンドロイド殺し（PDA用PDFファイル版）　（e-novels）
８．人間空気　（e-novels）
９．人間空気（PDA用PDFファイル版）　（e-novels）
10．軽井沢マジック　（e-novels）
11．軽井沢マジック（PDA用PDFファイル版）　（e-novels）
12．素人カースケの赤毛連盟　（e-novels）
13．素人カースケの赤毛連盟（PDA用PDFファイル版）　（e-novels）


［評論・評伝］
１．僕らが愛した手塚治虫　（小学館）


［監修等］
１．科学捜査ファイル　最後の名探偵　（原書房）
　（ブライアン・Ｈ・ケイ著）
２．未発掘の玉手箱　手塚治虫　（立風書房）
３．新世紀「謎」倶楽部　（角川文庫）
４．二階堂黎人が選ぶ！　手塚治虫ミステリー傑作選　（ちくま文庫）
５．新・本格推理01　（光文社文庫）
　（監修・鮎川哲也　編集長・二階堂黎人）
６．二階堂黎人が選ぶ！　手塚治虫ＳＦ傑作集　異星人編　（ちくま文庫）
７．密室殺人コレクション　（原書房）
　（二階堂黎人・森英俊共編）
８．新・本格推理02　（光文社文庫）
　（監修・鮎川哲也　編集長・二階堂黎人）
９．二階堂黎人が選ぶ！　手塚治虫ＳＦ傑作集　時間旅行者編　（ちくま文庫）
10．新・本格推理03　（光文社文庫）
　（監修・鮎川哲也　編集長・二階堂黎人）
11．新・本格推理04　（光文社文庫）
　（編集長・二階堂黎人）
12．新・本格推理05　（光文社文庫）
　（編集長・二階堂黎人）
13．新・本格推理06　（光文社文庫）
　（編集長・二階堂黎人）
14．新・本格推理07　（光文社文庫）
　（編集長・二階堂黎人）
15．新・本格推理08　（光文社文庫）？
　（編集長・二階堂黎人）


［編著・共著等］
１．鮎川哲也読本　（原書房）
　（有栖川有栖氏、芦辺拓氏と共編）
２．本格ミステリーを語ろう!［海外篇］　（原書房）
　（有栖川有栖、芦辺拓、小森健太朗と共著）
３．堕天使殺人事件　（角川書店）
　（新世紀「謎」倶楽部・著）
４．二階堂黎人ＶＳ新本格推理作家　おおいにマンガを語る！　（メディアファクトリー）
５．密室殺人大百科・上　魔を呼ぶ密室　（講談社文庫）
６．密室殺人大百科・下　時を結ぶ密室　（講談社文庫）
７．「Ｙ」の悲劇　（講談社）
　（有栖川有栖・篠田真由美・二階堂黎人・法月綸太郎）
８．白銀荘の殺人鬼　（光文社文庫）
　（彩胡ジュン名義／愛川晶氏との合作）
９．――二階堂蘭子の事件簿――　薔薇の家の殺人　（秋田書店）
　（あさみさとる・作画　二階堂黎人・原作のマンガ）
10．八ヶ岳「雪密室」の謎　（笠井潔編）
11．新世紀犯罪博覧会　（光文社カッパ・ノベルス）
　（新世紀「謎」倶楽部・著）
12．キラー・エックス　（光文社文庫）
　（クイーン兄弟名義／黒田研二氏との合作）
13．千年岳の殺人鬼　（光文社文庫）
　（黒田研二氏との合作）　
14．――渋柿信介の事件簿――　歯なしの探偵　（秋田書店）
　（河内実加・作画　二階堂黎人・原作のマンガ）
15．永遠の館の殺人　（光文社カッパ・ノベルス）
16．作家と電脳書斎（電脳作家の会・編）「e-NOVELS」及び「親指シフト・キーボードを普及させる会」で公開中）
17．――渋柿信介の事件簿(2)―― スマイルは遠すぎる（秋田書店）
　（河内実加・作画　二階堂黎人・原作のマンガ）
18．ＥＤＳ　緊急推理解決院　（光文社）
　（新世紀「謎」倶楽部・著）
19．ルームシェア―私立探偵・桐山真紀子　（講談社ノベルス）
　（宗形キメラ名義／千澤のり子との合作）


［短編］
１．人間空気　（『新世紀犯罪博覧会』光文社カッパ・ノベルス）
２．アンドロイド殺し　（『少女の時間』徳間デュアル文庫）
３．火の鳥「アトム編」　（『手塚治虫ＣＯＶＥＲ ［タナトス編］』）
４．泥具根博士の悪夢―魔を呼ぶ密室　（『密室殺人大百科・上』）


［書評］
１．論理の聖剣（web「KADOKAWAミステリ」）