この世には人々の恐れを食いものにするならず者がいる。
犯罪者の心理を知るため自ら罪人となったブルースの前に、謎の人物デュカードが現われる。 ブルースはデュカードに師事して心身を鍛え、不正と闘うことを心に誓うが、やがて自警団を名乗る“影の同盟”への入団を薦められる。
破壊活動を繰り返すこの組織は、ラーズ・アル・グールなる正体不明の男をリーダーとしていた。 ゴッサムに戻ったブルースは、犯罪と不正が横行するこの街の現状を目の当たりにする。

ウェイン家が慈善事業の拠点としていたウェイン産業も、今では最高経営責任者のリチャード・アールが牛耳っていた。 アールにとっては、社会の利益より会社の利益が重要なのだ。 一方、ブルースの幼なじみで地方検事補のレイチェル・ドーズは、ゴッサムにのさばる凶悪犯たちをなかなか有罪にすることができない。
犯罪組織のトップに君臨するカーマイン・ファルコーニらの仕業によって、この街の司法制度は腐敗しきっていたからだ。 さらに、著名な精神科医のDr.ジョナサン・クレインまでもが心神喪失の鑑定を下してファルコーニの手下たちを不起訴に導き、その見返りとして自らの悪だくみを実現させようとしていた。
ブルース・ウェインは、忠実な執事のアルフレッド、ゴッサム市警のジム・ゴードン刑事―数少ない善良な警察官―、ウェイン産業の応用科学部に所属するルーシャス・フォックスの協力を得て、不気味な姿をした“もうひとりの自分”を解き放つ。

それは、闇の騎士バットマン。

彼は今、格闘技術、英知、最新鋭の戦闘ツールを総動員して、ゴッサムの壊滅を企む悪の集団に立ち向かう。